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X染色体3个非重组区域单倍体型块分析,工具Network

本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-2-4 17:02 编辑

X染色体3个非重组区域单倍体型块分析,工具Network。

由于存在较为普遍的重组问题,x染色体和常染色体无法像单链的y-dna和mtdna那样轻易的进行系统发育树构建。但最新的一些文献,首先判断非重组区域,找出特定的单倍体型块haplotype block,然后,再针对这些单倍体型块进行相关的分析。这种分析思路,将来可能带来更为丰富细致的起源信息,毕竟ydna和mtdna所能反映的始祖信息非常有限,而常染色体和x上有着全部祖先的信息。

最新文献,在x染色体上找到了三个极少重组的单倍体型块,并用我们很熟悉的network工具进行分析,如下图其中一个block的分析图谱,除了一个红色的西班牙样本要么回复突变要么有过历史性的重组外,其他样本均无重组迹象,因此,可以作为很好的起源分析区域。

分析结果与以往y-dna和Mtdna的分析结果非常类似,当把大猩猩作为Outgroup,可以明显观察到非洲人群的单倍体群多态性最高,且最早分离,而所有的欧洲和近东样本均聚类在一个大群中,TMRCA年代在6.68万年前。少部分黑非洲YRI样本,也在欧洲西亚的两个大群H1和H2内或者附近区域,暗示历史上还有过回迁非洲的事件。

文献没有加入东方样本,但研究者提供了一个很好的技术思路,未来可以DIY,network也还算友好的一个分析工具,就是数据前处理需要一些专业帮助。
Signatures of human European Palaeolithic expansion shown by resequencing of non-recombining X-chromosome segments
http://www.nature.com/ejhg/journal/vaop/ncurrent/full/ejhg2016207a.html


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评分次数

新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
非常重要也是非常具有实用性的分析方法,有利于快速揭开现代欧亚人群各主要成分与古人几大成分的上下游关系(如EE、ANE以及WHG、Basal E.),不知道Reich在今年前不久发表的论文中有没有采用相类似的方法,不过可以预计的是,之前许多关于欧亚人群常染分析的论文都需要重写(尤其是那些北欧人写的惨不忍睹的论文,呵呵)
论文中有主创Mark A Jobling教授的联系方式,建议国内的专业人士可以与多他交流一下
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
...TMRCA年代在6.68万年前。少部分黑非洲YRI样本,也在欧洲西亚的两个大群H1和H2内或者附近区域,暗示历史上还有过回迁非洲的事件。
Yungsiyebu 发表于 2017-2-4 16:56
不一定是回迁,因为我们知道在来自亚洲的印欧人大规模入侵欧洲之前,欧洲已经有一批带有非洲血统的人群大规模入侵欧洲,他们就是带有Basal E.血统的中东与近东农民(前者的B.E.血统更浓)。还有,目前欧洲零星发现的y-A到底何时来到欧洲的? 还有一个很重要的现象就是,从旧石器到新时期一直到现在欧洲普遍低频存在的y-T1a人群,他们的先祖到底与非洲血统存在多少关联性,目前还不得而知。
    当然,目前我们不能排除部分回迁的可能性(比如y-E人群),不过我认为这与欧洲人目前的非洲血统可能关联性不大~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
while haplotype h3 (Figure 3a) is at relatively high frequency in Central and Western Europe, but also persists at low frequency in Middle East and the YRI.
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中西欧人群的h3 到底是不是一种来自史前的非洲成分? 或回迁成分?(可能性很低,理由不言自喻)。如是前者,则明显看出,东欧人群因为较多的“亚洲血统”而几乎看不到这种成分,再次提示现代欧洲人的二分血统结构~
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