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CONVERGE项目:1.2万例中国女性1.7x全基因组

本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-2-27 01:27 编辑

类似1KG,HGDP,Hapmap,一个新的大规模测序数据库,可以虽然文献发了不少,但一直没注意是否公开数据。数据量近1.2万例,其中抑郁症和对照组各6000例上下。

网址:http://www.well.ox.ac.uk/converge

11,670 whole-genome sequences representative of the Han Chinese population from the CONVERGE project

样本来自如下省份:
Liaoning Province • Hebei Province • Heilongjiang Province • Municipality of Beijing • Jilin Province • Hunan Province • Sichuan Province • Municipality of Chongqing • Fujian Province • Guangdong Province • Hainan Province • Zhejiang Province • Anhui Province • Jiangsu Province • Shandong Province • Gansu Province • Guangxi Zhuang Autonomous Region • Jiangxi Province • Municipality of Shanghai • Shaanxi Province • Municipality of Tianjin • Hubei Province • Henan Province
最新文献,刚刚注意到有数据库有了,更新了1.1万例。

测序数据链接:http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJNA289433 大约100TB

SNP vcf数据链接:https://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.3840339 大约265M

我们之前尝试用1.3x全基因组,mtdna因为拷贝数非常多,几乎可以得到一个高质量的完整全序列数据。这组数据如果完成分析,对于东亚mtdna演化将有突破性帮助。

1.3xWGS数据mtdna分型案例: http://www.ranhaer.com/viewthread.php?tid=32981&

不清楚,出于什么逻辑,这个数据库,只对女性样本进行测序,否则将有数千例低质量的y-dna全测序数据。

1.3xWGS数据y-dna分型案例:http://www.ranhaer.com/viewthread.php?tid=33342

这个研究自来wellcome.ac.uk公益基金的100万英镑资助,相信未来来自医疗领域基因大数据将提供更庞大的数据资料,支持公开数据库。
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新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
不错 线粒体DNA我承包了
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互联网 www.ranhaer.org