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Indian Subcontinent heavily sex-biased dispersals

A genetic chronology for the Indian Subcontinent points to heavily sex-biased dispersals

Background
India is a patchwork of tribal and non-tribal populations that speak many different languages from various language families. Indo-European, spoken across northern and central India, and also in Pakistan and Bangladesh, has been frequently connected to the so-called “Indo-Aryan invasions” from Central Asia ~3.5 ka and the establishment of the caste system, but the extent of immigration at this time remains extremely controversial. South India, on the other hand, is dominated by Dravidian languages. India displays a high level of endogamy due to its strict social boundaries, and high genetic drift as a result of long-term isolation which, together with a very complex history, makes the genetic study of Indian populations challenging.

Results
We have combined a detailed, high-resolution mitogenome analysis with summaries of autosomal data and Y-chromosome lineages to establish a settlement chronology for the Indian Subcontinent. Maternal lineages document the earliest settlement ~55–65 ka (thousand years ago), and major population shifts in the later Pleistocene that explain previous dating discrepancies and neutrality violation. Whilst current genome-wide analyses conflate all dispersals from Southwest and Central Asia, we were able to tease out from the mitogenome data distinct dispersal episodes dating from between the Last Glacial Maximum to the Bronze Age. Moreover, we found an extremely marked sex bias by comparing the different genetic systems.

Conclusions
Maternal lineages primarily reflect earlier, pre-Holocene processes, and paternal lineages predominantly episodes within the last 10 ka. In particular, genetic influx from Central Asia in the Bronze Age was strongly male-driven, consistent with the patriarchal, patrilocal and patrilineal social structure attributed to the inferred pastoralist early Indo-European society. This was part of a much wider process of Indo-European expansion, with an ultimate source in the Pontic-Caspian region, which carried closely related Y-chromosome lineages, a smaller fraction of autosomal genome-wide variation and an even smaller fraction of mitogenomes across a vast swathe of Eurasia between 5 and 3.5 ka.

http://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-017-0936-9
青铜战士,马拉战车,其实这是比较早的看法了,但显得太种族主义了,前段时间好像有些反复,不过现在又回来了。
A genetic chronology for the Indian Subcontinent points to heavily sex-biased dispersals
...consistent with the patriarchal, patrilocal and patrilineal social structure attributed to the inferred pastoralist early Indo-European society. This was part of a much wider process of Indo-European expansion, with an ultimate source in ...
Tocharian_2 发表于 2017-3-28 22:36
挺有意思的一篇论文,尽管存在着硬伤处处,不过依然是值得一读的。

首先简单谈一下我看到的硬伤。1、没有足够的思辨判断力,以至于和其他工作者一样,受到那两位都柏林‘三一之光’博士教授关于CHG的表述的误导(关于都柏林‘三一之光’美女博士那篇文章的纰误,我已经在本坛明确讨论了,有兴趣的坛友可以再次重温一下)。另外作者团队受到早先欧洲主流分子人类学学者关于yamnaya草原古人的aDNA错误分析的误导,在某种程度上也是可以理解的,毕竟彼时还没有欧亚大规模的y全序数据出台。 但是另一方面也显示出这个行业工作者们的一种浮躁的功利心态、或者是思辨能力的幼稚性(既然知道存在后期全序数据打脸的可能性,却依然敢于毅然决然的放出‘一定以及啃定’的狠话,这个特别希望国内的专业工作者们引以为鉴)。
2、本文第二个较大的硬伤就是过多的引用非分子人类学专业的作品数据(具体参见论文的references),可能作者团队的初衷是好的,拓宽视野,考虑更多的可能性。不过他们也忽视了另一种风险,那就是这些未经分子基因学检验的数据,只会带来更大的混乱风险(事实上也的确如此,比如探讨印欧语起源于东南欧的可能性,拜托这些作者们,你们先掂量一下R1a1起源于东南欧的可能性到底有几分几毫再来引用好不好)。这方面,作者与本坛天空大神的粉丝有得一比,以为看到了神明的启迪,没想到却碰到了神棍,呵呵。


当然,我不是说本文就一无是处,还有有很多参考价值的,这个迟一点再来深入讨论。
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有一点需要澄清,正式发表论文的论点与推断,与在本坛展开讨论是不一样的。在正式发表论文之前,任何观点都可以拿来讨论,只要真的有所依据,而不是如本坛某些坛友那样完全没有科学依据的无的放矢,不单是浪费本坛宝贵的服务器空间,也浪费大家伙的宝贵时间。
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这张图存在很大的误导性,我不明白作者为何自选一份K=7的图表,而不是起码选择两份K值的图表做一个对比。


另外,代表欧洲的那份数据比较可笑,好像是选用意大利某地的数据,给人一种印象,似乎欧洲是铁板一块,可见是多么的具有讽刺性,呵呵~
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作者们把现在的南亚常见的Y-SNP如R1a、L1、L3通通说成是外来的,未必妥当。尽管本文引用了一份包括南亚y在内的R1a全序分析数据(如上图),但是从上图可以看出,尽管欧洲凭借独特的土壤条件与aDNA检测技术的先进性,保留了古人R1a的最大多样性。但是从现今的R1a的多样性来看,南亚及邻近地区(如阿富汗塔吉克或伊朗北部)的R1a的多样性,与中亚地区是不相上下的,甚至略胜一筹,因此很难说R1a对于南亚就是外来的。至于y-L, 目前没有看到全序,暂时不予置评。对作者团队的结论持强烈的保留态度。
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结合上面的分析,对本图的图c的结果表示严重的怀疑~
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现在南亚最大的冤屈在于目前没有足够的aDNA数据来说话(哈拉帕古人数据据说已经出来了,但是未见公开发表论文,也可能不符合印度的hinduism的价值观? 天知道怎么回事),真是‘阿三哑巴吃黄连,心中有苦却难言’,呵呵~
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文章说:Even so, the spread of Indo-European within the Subcontinent seems to have been mainly male-mediated, in agreement with recent X-chromosome analyses [102],引用的是Goldberg A, Günther T, Rosenberg NA, Jakobsson M. Ancient X chromosomes reveal contrasting sex bias in Neolithic and Bronze Age Eurasian migrations. Proc Natl Acad Sci U S A. 2017;114:2657–2662。显然作者团队又一次陷入陷阱,因为本坛的有心人都知道Goldberg- Rosenberg-Jakobsson 这个犹太学者团队的这篇文章的错误出在哪里了(本坛本栏目之前有讨论)
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The last four millennia witnessed major cultural changes in the Indian Subcontinent, with the decline of the Indus Valley civilisation and the rise of Vedic religion, based on a strict caste system, often associated with the arrival of Indo-Aryan speakers. The mix of autochthonous and immigrant genetic lineages seen across South Asia, however, suggests a gradual merging of male-dominated Andronovo/BMAC immigrants with the indigenous descendants of the Indus Valley civilisation [12], possibly associated with the spread of the Megalithic culture as far south as Sri Lanka in the first century Before Common Era (BCE), prior to the establishment of the full jāti caste system very roughly ~2 ka [12, 103]. Basu et al. [26] date the “freezing” of India’s population structure to ~1.5 ka.-------------------------------------------------

似乎作者团队心中倾向于把印度雅利安人的原乡定位在Andronovo/BMAC一带,我看是可以成立得~
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6# imvivi001 除了H,其他都可以说是外来的,时间早晚而已。C5是旧石器时期来的,L,J2b基本是农业革命时期来的,R1a主要是青铜时期来的,O是兼跨农业革命时期和青铜时期两个时代。
11# wolfgang

    南亚次大陆无疑是OoA人群在早期欧亚大陆扩散的一个主要根据地,鉴于全新世之前的旧石器时期HG人群的高度流动性,加之目前缺乏该地区的aDNA数据,该地区之前的yDNA变化情况目前难以表述。至于后来进入全新世之后,随着农业的逐渐成熟,人口定居开始稳定,y格局便逐渐明朗化,显然是以农业人口为主基调发生的变化(其中包括相当部分被认定为雅利安人的R1a1,作者团队也承认至少有三次具备规模的迁入,从全序图上看应该有五次)。所以全新世之后南亚次大陆y人群的流动情况还是比较复杂的~
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...引用的是Goldberg A, Günther T, Rosenberg NA, Jakobsson M. Ancient X chromosomes reveal contrasting sex bias in Neolithic and Bronze Age Eurasian migrations. Proc Natl Acad Sci U S A. 2017;114:2657–2662。显然作者团队又一次
imvivi001 发表于 2017-3-29 08:26
想起很早以前我的米国老师说的关于犹太人和中国人的一个笑话。当年他是这样说的:两个犹太人中国人做邻居,有一天为了一个历史学的话题争吵起来,一怒之下,中国人拿着一块石头就把犹太人的窗户砸了,并且对前来看热闹的街坊这样说:Rosenberg、Eisenberg, that's for iceberg! 犹太人一看急眼了,马上拿起一块石头回敬中国人的窗户,同时大声嚷嚷:chinese、japanese, that's for Pearl Harbor!   
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文章没有仔细看,当下来有时间好好看看,我一直有一些疑问:
1. 在eupedia上看R1a和R1b的迁徙图,R1b感觉比较靠谱,从图上看,来源于里海东岸,和原来推测的R1a和R1b的分离地兴都库什山以北不远,但R1a除主要节点M417外,其他发现的平行或者上游节点也过于偏西了,这样简直就表明了南俄就是最初起源地
2. 不知印度的R1a是否都是M417下游?如果不是,那他们是什么呢?
3. R1a根节点和R1b根节点的最近共组差了2000年左右,不是平行关系,在R1a上边还有层,只不过目前还未发现。
还有一个个人看法:
1. 我觉得雅利安人对印度的入侵可能不准确,更有可能是渗透;
2. Eupedia上摘了一句分子人类学研究者的话,他说那些金属战斧或者马车的文化并不能表明这就是一个军事征服群体,而更可能代表了一个贸易网络,我觉得非常有道理;
3. 我想这些商人肯定是一些具备高度军事组织性的贸易团体(简练、女性相对少),从后世比较晚近的历史来看就是这样的,比如来自萨克森的商人整合西斯拉夫人形成萨摩大公国,维京人的商路,德意志人的东扩运动,他们既是商人也熟悉作战,而德意志人东扩时有了据点,种地也种得不错,这些对土著的威胁坚定而持久,所以古代罗斯诸国虽然惧怕蒙古人,但更担心的是西边的日耳曼人,因为游牧民他们见得多了,来的猛去的也快,而日耳曼人会把他们连根一起挖了;
4. 有个看法:首先假设有雅利安人入侵这事,那他们最开始肯定是和印度河流域的人民有着很久的贸易往来,对当地情况比较了解,后来逐渐在兴都库什山以南以东建立了很多据点,积蓄了足够力量以后,才逐步征服和吞并当地人,因为当地人数量的巨大,为了保持自己的传统,他们建立起森严的等级制度,但我想雅利安人建立的政权肯定有多个,彼此竞争激烈,他们肯定要拉拢和整合当地资源,这样土著一些上层人士也进入了雅利安人的小圈子,长此以往,他们当初的血统会越来越薄,在向恒河流域和南部高原进发时,这样的戏码在不断上演着;
5. 其实在我个人看来,从印欧人进入小亚建立赫梯,雅利安人进入伊朗,和在印度发生的都没有本质差别,不过雅利安人和土著融为一体了,但赫梯王国的统治者也许是因为各种复杂的原因,一直维持着军事贵族群体,随着军事贵族群体在战争中损失殆尽,他们的统治也就到头了;
6. 几年前有个说法:中国由于关山的阻隔,这些波及欧亚大陆的变迁给本土造成的影响微乎其微,但我本人觉得欧亚草原就像畅通无阻的高速路,中国先秦那些传说中或者实际存在的政权让我感觉中国的情况也许也没有什么不同,我不怎么赞成青铜时代血统全面或者大规模的替换,我倒是觉得,真正获得最大利益的是带路党,呵呵。
7. 也看了以前的一些帖子,并没有找到云老师青铜战士无敌论的看法啊。
文章没有仔细看,当下来有时间好好看看,我一直有一些疑问:
1. 在eupedia上看R1a和R1b的迁徙图,R1b感觉比较靠谱,从图上看,来源于里海东岸,和原来推测的R1a和R1b的分离地兴都库什山以北不远,但R1a除主要节点M417外,其他发现的平行或者上游节点也过于偏西了,这样简直就表明了南俄就是最初起源地
2. 不知印度的R1a是否都是M417下游?如果不是,那他们是什么呢? ...
lindberg 发表于 2017-3-29 13:11
这段时间没上eupedia,不清楚他们判断的依据。对于R1\R1a\R1b,他们的发源地目前都很难判断。不过感觉R1b第一次爆发于里海西岸可能比较合理。而R1a(或R1a1-M417)爆发于里海东岸则比较合理。


印度的R1a基本都是M417的下游,这个基本可以肯定~
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还有一个个人看法:
1. 我觉得雅利安人对印度的入侵可能不准确,更有可能是渗透;
2. Eupedia上摘了一句分子人类学研究者的话,他说那些金属战斧或者马车的文化并不能表明这就是一个军事征服群体,而更可能代表了一 ...
lindberg 发表于 2017-3-29 13:23
你的这段分析整体上是合理的,个别细节可以进一步讨论~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
本帖最后由 lindberg 于 2017-3-29 14:22 编辑
这段时间没上eupedia,不清楚他们判断的依据。对于R1\R1a\R1b,他们的发源地目前都很难判断。不过感觉R1b第一次爆发于里海西岸可能比较合理。而R1a(或R1a1-M417)爆发于里海东岸则比较合理。


印度的R1a基本都 ...
imvivi001 发表于 2017-3-29 13:40
刚才说错了,eupedia的图,R1b首先出现在里海南岸东边,伊朗呼罗珊一带
印度的R1a绝大多数是Z93的下游。
欧洲的R1a可能略为复杂一些。似乎主流是R1a的两个西部支系,主要是Z283,其次是R1a-M417-Z2464(这个支系似乎主要以斯拉夫人为主)。至于中亚与南亚常见的Z93,其实在欧洲也有一定的频度(在整个欧洲都有),看上去与当年的东哥特或匈人或其他西罗马崩溃时其他入侵欧洲的中亚游牧民族有关~
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