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Phylogeny of Y-chromosome haplogroup C3b-F1756 (DYS448del)

Lan-Hai Wei, Yun-Zhi Huang, Shi Yan, Shao-Qing Wen, Ling-Xiang Wang, Pan-Xin Du, Da-Li Yao, Shi-Lin Li, Ya-Jun Yang, Li Jin and Hui Li

Abstract
In previous studies, a specific paternal lineage with a null value for the Y-chromosome short tandem repeat (Y-STR) marker DYS448 was identified as common among Mongolic- and Turkic-speaking populations. This paternal lineage (temporarily named C3*-DYS448del) was determined to be M217+, M93–, P39–, M48–, M407–, and P53.1–, and its origin and phylogeny remain ambiguous. Here, we analyzed Y-chromosome sequences of 10 male that are related this paternal lineage and redefined it as C3b1a1a1a-F1756 (C3b-F1756). We generated a highly revised phylogenetic tree of haplogroup C3b-F1756, including 21 sub-clades and 360 non-private Y-chromosome polymorphisms. Additionally, we performed a comprehensive analysis of the C3*-DYS448del lineage in eastern Eurasia, including 18 270 samples from 297 populations. Whole Y-chromosome sequences, Y-STR haplotypes, and frequency data were used to generate a distribution map, a network, and age estimations for lineage C3*-DYS448del and its sub-lineages. Considering the historical records of the studied populations, we propose that two major sub-branches of C3b-F1756 may correspond to early expansions of ancestors of modern Mongolic- and Turkic-speaking populations. The large number of newly defined Y-chromosome polymorphisms and the revised phylogenetic tree for C3b-F1756 will assist in investigation of the early history of Altaic-speaking populations in the future.


http://www.nature.com/jhg/journal/vaop/ncurrent/full/jhg201760a.html
Figure 1, distribution.jpg
Figure 2, tree.jpg
Figure 3, network.jpg
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三界无安,犹如火宅。众苦充满,甚可怖畏
                            --------《法华经》
是以法从心生。名因法立
                      ------------《宗镜录》
恭喜兰海博士团队的新作在 JHG 上发表!
这次成果细化了C星蔟的发育树,明显又大进一步,对下一阶段全面揭示C3人群的历史无疑是大有助益~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
三界无安,犹如火宅。众苦充满,甚可怖畏
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是以法从心生。名因法立
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恭喜兰海博士团队的新作在nature上发表!
这次成果细化了C星蔟的发育树,明显又大进一步,对下一阶段全面揭示C3人群的历史无疑是大有助益~
imvivi001 发表于 2017-6-1 23:42
F1756,F3918下游448DEL,非F1918下游星簇
图S1 (分支图)
jhg201760-figure-s1.jpg
2017-6-2 00:38
早期F3918支系除P39在北美以外,还有一支在Koryaks人群中发现,可见F3918支系1万多年前分化时应该在亚洲东北角临近白令海附近地域,此后很大可能是沿阿穆尔河黑龙江向西向南而非相反,按文中引用Karmin文章,Koryaks人群中也发现M48和Y11990支系,加上M48和F1918在通古斯和蒙古语族中均存在,C2北支1万多年前应该一起在亚洲东北角一带,此后南下分化为蒙古与通古斯,突厥语族的C2北支应该是后融入的

按萨哈林意见,印第安人应该是西欧亚父系Q和东欧亚母系,从1万多年迁徙过程看,这个东欧亚母系可能就来自于C2北支人群,N也有可能,但感觉比C2北支小,对mt没有研究,不知是否是C2原配。C2高频人群如鄂伦春做常染分析显然与东亚族群更近,这一点也暗示C2可能是南来的,如北来,则似应该与北亚或中亚的西欧亚人群更接近
4# Lep1dus
是我表述不准确,应该是星蔟相关发育树~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
有个问题想问下,如何能确定448DEL发生在F1756之前,所有F1756都是448DEL,上次看到这个问题就想问一下
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  • lindberg

6# Lep1dus 有些人的观点是这些C2、O之类的早几万年就已经从中亚到东亚了,之后西欧亚人群才进入中亚,原因在于O的表亲N现在的分布来看偏北偏西,而且欧洲有N的早期分支,从欧洲考古来看,N到达欧洲的时间并不是很晚。但话又说回来,N为什么没有进入美洲内陆呢?
感谢大家的关注。这篇文章,算是一个小的基础性工作。如大家所知,C3b-F1756 (DYS448del) 应该是蒙古人扩张之前,蒙古高原上的最重要、最繁荣的父系支系之一。但是这个支系在现代全体蒙古语人群中的比例并不高。普遍推测这个支系与东胡和鲜卑密切相关,但还缺乏直接的古DNA证据。因为之前这个支系没有相关的SNP,所以以往的古DNA测试也就无法用属于这个支系的Y-SNP对相关古代遗骸进行测试。这篇文章主要是提供了一些新的Y-SNP。不过,测序样本过少,年代的计算也并不是非常精确,以后还有待进一步的细化。
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  • natsuya

人类之子全都是为死而生。
              --------《阙特勤碑》
主要还是可以参考的古代东亚分子人类学证据太少了。
本帖最后由 Lep1dus 于 2017-6-2 10:59 编辑
6# Lep1dus 有些人的观点是这些C2、O之类的早几万年就已经从中亚到东亚了,之后西欧亚人群才进入中亚,原因在于O的表亲N现在的分布来看偏北偏西,而且欧洲有N的早期分支,从欧洲考古来看,N到达欧洲的时间并不是很晚 ...
wanhuatong 发表于 2017-6-2 10:40
欧洲高频N人群,如芬兰人,相对其他欧洲或者北欧人群有较高的EE,这也能作为N从南线走最后迁入欧洲的间接证据,如果一开始就定居在欧洲,没理由有这么高的EE,我认为Y-6503可能是混入印欧人的早期支系,和印欧人一起走到西亚欧洲,L-708进入西亚欧洲则颇晚,不会超过1万年,N的早期分化是双叉,非准三叉,Y-6503在欧洲对于说明N-Z4762的起源没什么帮助,N-Z4762下游早期支系,在东北亚的占据明显优势
N北上后应该是往西发展的,而且从时间上看应该比C2北支晚一些,M178分化时间11900ybp,这个时间已经在新仙女木事件后,白令海峡可能已经形成,过不去了。亚洲东北角的楚科奇堪察加一带的N,可能是五千年内才迁过来的
吉尔吉斯人的448DEL似乎不少,因为他们的448DEL是克普恰克部落的,而克普恰克是吉尔吉斯一个颇有势力大部落。
哈萨克人以448DEL为主的除了TORE(朮赤汗后裔)以外还有小玉兹的TABYN(TABYN分为三个簇,R1a1a簇,M48簇,还有一个就是448DEL簇),当然总人口确实很少了
三界无安,犹如火宅。众苦充满,甚可怖畏
                            --------《法华经》
是以法从心生。名因法立
                      ------------《宗镜录》
13# sahaliyan

448DEL似乎是历史上蔑尔乞人的主频。史料中记载蔑尔乞人败于铁木真后其首领脱黑脱之子逃往钦察地区。后来速不台第一次西征,在与钦察阿兰联军争斗难以取胜时,劝说钦察人:你我都是同一部落,同一氏族,何苦帮助阿兰人.......
这个钦察大部从Y染看来类型不一。从仅有的一点信息来看哈萨克人的钦察部Y是R1b为主,而吉尔吉斯人的克普恰克部落是448DEL,或许说明钦察人复杂的部落血缘联系。
本帖最后由 sahaliyan 于 2017-6-2 13:02 编辑

however, the frequencies of C3b-F1756 are generally low in
modern north Asian populations. This may be caused by recent, very
successful, expansions of Mongols

这个不是很赞同,我认为他们比例减少的原因是主要人口进入中原了,在柔然以后,蒙古草原崛起的是蓝突厥以及大大小小的铁勒部族,分布广泛,这些部族应该不是以F1756为主的
蒙古草原的父系变化实在太剧烈,既然蒙古时期能够发生,自然在更早的时期也能发生,而F1756的减少我认为是蓝突厥-铁勒控制草原的时期
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http://www.nature.com/jhg/journal/vaop/ncurrent/suppinfo/jhg201760s1.html
sahaliyan 发表于 2017-6-1 23:59
这数据好,STR可以和古代样本匹配一下
however, the frequencies of C3b-F1756 are generally low in
modern north Asian populations. This may be caused by recent, very
successful, expansions of Mongols

这个不是很赞同,我认为他们比例减少的 ...
sahaliyan 发表于 2017-6-2 13:00
不过看来留在中原的总体数量也很有限
不过看来留在中原的总体数量也很有限
双头鹰 发表于 2017-6-2 13:54
不算少啊,比如看看河南大样本数据,比例还是可以的,鲜卑的总人口本来就不多
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不过看来留在中原的总体数量也很有限
双头鹰 发表于 2017-6-2 13:54
生活方式的原因,游牧,鱼猎人群的人口本身就不多,融入汉族后大概就是这个样子,这是由人口基数决定的。
我是这支的,还有没有
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