返回列表 回复 发帖

超低价Y染色体高通量测试质量测评

本帖最后由 风虎云龙 于 2017-6-24 22:20 编辑

四月上旬我在论坛召集的低价Y染色体高通量测试活动,经过23魔方公司对此进行地设计、开发和测试,现在已经拿到了样本的测序文件和结果,经过分析后,我在这里和大家分享一下这个产品测试质量的情况。设计的时候主要参考的是FT DNA的Big Y产品,所以现在主要和Big Y的情况进行对比。结果如下:


Target size
Target covered size
Coverage rate(%)
Fraction of target covered with at least 30x
Fraction of target covered with at least 100x
Target mean depth
Median sequencing depth on target
Average read length
Average base quality
CAP1

11383697



10051105



88.29%



63.90%



20.70%



61.4



48



138



34.3


CAP2

11383697



10087053



88.61%



60.60%



14.00%



51.23



41



141



34.2


BigY1

11383697



10829059



95.13%



69.20%



20.90%



70.74



53




BigY2

11383697



10589877



93.00%



58.10%



8.40%



46.52



37




图1
图1.png
2017-6-21 19:14

图2
图2.png
2017-6-21 19:14

图3

图3.png
2017-6-21 19:14



图4
图4.png
2017-6-21 19:14


图5
图5.png
2017-6-21 19:14

图6
图6.png
2017-6-21 19:14

CAP1、CAP2是开发的Y全序产品的两个数据,Big Y 1、Big Y 2是Big Y 产品的两个数据。
图1、图2、图4、图5是开发的Y全序产品的两个数据。图3、图6是Big Y 的分析数据。


通过对比可以看出,开发的Y全序产品整体在平均覆盖深度、30X、100X覆盖深度的比例与Big Y产品类似,在覆盖率方面略低与Big Y产品。整体上还是和Big Y产品的测试质量接近的。因为是第一版设计,在后续的设计的时候还可以继续提高这些方面的质量。


另外,鉴于国外的很多测序公司不做解读业务,解读公司又不测序(比如FT DNA只测序不解读测试结果,Yfull公司又只解读测试文件,自己不做测序),在国外解读既要翻墙传送测序文件,又要支付49美元的解读费用。国内现在也缺少像Yfull一样的分析解读结构,所以在设计这个产品的同时,23魔方公司也在筹划搭建开发国内第一家的Y全序测试解读分析平台。现在平台已经初步构建好,命名为“Y全序”(网址:http://www.yquanxu.com)。现在承诺免费对测序文件进行分析解读,第一批征集的62个Y全序测试者,在拿到数据后,可以提交到这个网址做解读分析。当然也号召已经在其他地方做过Y全序的朋友,也可以测序文件提交到这个网址进行分析,丰富我们东亚的Y分化树。只是现在开发的第一版,会优先对报名测试的数据进行解读分析,所以其他朋友提交的数据,在等待结果的时间上要稍长一些。


另外,23魔方生物科技有限公司也正式将这个产品作为常规产品对外进行销售,价格定为1499元人民币。所以对于我们分子人类学的爱好者们,如果有意向的话,欢迎订购咨询。


今天在分析测序数据的时候又个意外收获,在捕获Y的同时,会捎带捕获到一些mt数据,所以这个产品还会测到基础的母系线粒体数据,这个结果也会作为福利附带给到测试者(Big Y早期原始数据是含有线粒体数据的,后来FT DNA发现了这个漏洞,影响它们的线粒体产品的销售,又机灵地人为过滤掉了测序文件中的线粒体信息)。
本帖最后由 风虎云龙 于 2017-6-21 19:37 编辑

另外经过测试者授权,公布一下这两个测试者的父系和母系类型:
CAP1父系是CTS5308. 母系线粒体类型B5a1c
CAP2父系是Y515. 母系线粒体类型D4j13
另,第一个测试者为山东青州人,第二为甘肃天水人。
支持支持!
对于测试者而言是个福音。
2# 风虎云龙 Y515的那个,是不是F4528就是-了?
2# 风虎云龙 Y515的那个,是不是F4528就是-了?还是只测到Y515
建一棵我们中国人自己的基因树,支持
2# 风虎云龙 Y515的那个,是不是F4528就是-了?
衡岳临湘 发表于 2017-6-21 23:39
更下游的情况还在分析中
本帖最后由 风虎云龙 于 2017-6-22 13:25 编辑

报名咨询微信群
WechatIMG31.jpeg
本帖最后由 风虎云龙 于 2017-6-22 22:35 编辑
更下游的情况还在分析中
风虎云龙 发表于 2017-6-22 06:41
现在初步分析来看,这个CAP2样本在M120树上的地位意义重大,因为他是DYS391=9的,但是他解离出391=6的支系的Y521的15个等价位点中的2个,这样就能明确的知道391=6的支系就是在这两个SNP产生之后的时间段里由9变成6的。而且他是甘肃人,可能提示391从9变成6时大概发生在中国的哪一区域。
大概在树上的位置
1.png
以前也觉得是不是和周王室有关,西北过来的。不过既然M120兄弟支系B143在爱斯基摩人中发现,可能还是从东北或者草原方向进入中原吧,估计是商王室或者其同盟者?
现在初步分析来看,这个CAP2样本在M120树上的地位意义重大,因为他是DYS391=9的,但是他解离出391=6的支系的Y521的15个等价位点中的2个,这样就能明确的知道391=6的支系就是在这两个SNP产生的时间段里由9变成6的。而 ...
风虎云龙 发表于 2017-6-22 21:10
不好意思,这里没有理解,只能说这两个SNP是最先突变的,此时还没有发生391=6的状况吧,是不是完全有可能在后面某个SNP突变时才发生391=6?
漏掉了2个字,”之后”,已经修改。
13# sahaliyan 9里边接近6的估计能到一小半,甚至一半,10里边应该也有一部分算这一支,人数有可能超过汉族的1%
11# 风虎云龙 Y521等价于F4529,但是F4529不全是6啊
11# 风虎云龙 难道真是在甘肃及周边地区分化的?
甘肃.jpg
本帖最后由 风虎云龙 于 2017-6-23 07:28 编辑
11# 风虎云龙 难道真是在甘肃及周边地区分化的?
衡岳临湘 发表于 2017-6-23 00:04
现在我也是这样认为的。但是局限于M120全序的样本太少,这个西北分化的推测,既可能是管中窥豹、见微知著,也可能是一叶障目,不见泰山。所以需要更多的M120来细化结构。你都是论坛的老票友了,不考虑测个全序为M120的细化助一臂之力嘛。
20# 风虎云龙 看这批结果如何,再考虑要不要参加下一批
返回列表
baidu
互联网 www.ranhaer.org