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通过捕获测序的方法,付巧妹和同事对田园洞人进行了全面的遗传学分析,他们报道了田园洞人基因组上的370万个变异位点(variable SNPs),基本涵盖基因组每个染色体上的相关群体遗传信息。--------从字面上分析,Y应该还是测了,也应该是有结果了。
通过捕获测序的方法,付巧妹和同事对田园洞人进行了全面的遗传学分析,他们报道了田园洞人基因组上的370万个变异位点(variable SNPs),基本涵盖基因组每个染色体上的相关群体遗传信息。--------从字面上分析,Y应该 ...
大凌河 发表于 2017-10-14 22:28
我估摸着这个消息他们是打算一点点的透露,不急于告诉你们结果。
我估摸着这个消息他们是打算一点点的透露,不急于告诉你们结果。
wanhuatong 发表于 2017-10-14 22:32
测一回,多发几篇文章,你说的有道理
许多内幕俺也不清楚,呜呜呜~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
423# 大凌河
或许你猜的对,很有可能是C1a*
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SUMMARY
By at least 45,000 years before present, anatomically modern humans had spread across Eurasia [1–3], but it is not well known how diverse these early populations were and whether they contributed substantially to later people or represent early modern human expansions into Eurasia that left no surviving descendants today.
Analyses of genome-wide data from several ancient individuals from Western Eurasia and Siberia have shown that some of these individuals have relationships to present-day Europeans [4, 5] while others did not contribute to present-day Eurasian populations [3, 6]. As contributions from Upper Paleolithic populations in Eastern Eurasia to present-day humans and their relationship to other early Eurasians is not clear, we generated genome-wide data from a 40,000-year-old individual from Tianyuan Cave, China, [1, 7] to study his relationship to ancient and present-day humans.
We find that he is more related to present-day and ancient Asians than he is to Europeans, but he shares more alleles with a 35,000-year-old European individual than he shares with other ancient Europeans, indicating that the separation between early Europeans and early Asians was not a single population split. We also find that the Tianyuan individual shares more alleles with some Native American groups in South America than with Native Americans elsewhere, providing further support for population substructure in Asia [8] and suggesting that this persisted from 40,000 years ago until the colonization of the Americas. Our study of the Tianyuan individual highlights the complex migration and subdivision of early human populations in Eurasia
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Comparisons further exploring the South American connection

As in [8], we used D(Amazonians = Surui/Karitiana, Central Americans; P3, Chimp), with many different human populations as P3,
and listed the highest D-statistics in Table S2E. The Tianyuan individual shares more alleles with Amazonians than with Central
Americans, though we fail to reject D(Karitiana, Mixe; Tianyuan, Mbuti/Chimp) = 0 (Table S2E).

The Papuans consistently share more alleles with Amazonians than with Central Americans, but the Onge do not (Table S2E), which differs from a previous study [8], perhaps because we use a different dataset with fewer Onge individuals. When using only transversions, there is a loss of significance in the D-statistics shown in Table S2E, but the Tianyuan individual and Papuan still rank among the top ten highest D-statistics(非常有意思,呵呵

Amazonians share a similarly strong connection to both the Tianyuan individual and Papuan [8]. We expand on the above results to test D(AMER, AMER; P3, Mbuti/Chimp). For P3, we focus on the Tianyuan individual and the Papuan and Onge, but also consider EAS and the Chokhopani1 individual (Table S2H). Some EAS/Papuan/Onge share more alleles with the Surui and Karitiana than with the Quechua, but the Quechua samples are shown to be potentially admixed [8], though unlike the Mixtec, there is no consistent results in the D-statistic analyses here to indicate it is different relative to other Native Americans.
Relative to the Mixe, the Surui share a connection to the Tianyuan individual and the Papuan, and they do not show a connection to
the EAS (Table S2H)(这个可能与早期EE成分有关,而后来的东亚主成分EAS可能因为与后期ASE混合,开始偏离早期的EE了)
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田园洞的全基因组数据,预计稍候会在文献中给出,通常会更新到NCBI或者别的在线数据,大家一起看一下,出来,可以对Y-dna分一下型。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
田园洞的全基因组数据,预计稍候会在文献中给出,通常会更新到NCBI或者别的在线数据,大家一起看一下,出来,可以对Y-dna分一下型。
Yungsiyebu 发表于 2017-10-20 13:53
很有可能覆盖率太低而分不出,否则会提到的。
极品猥琐凤凰眼镜生物党棍左棍五毛愤青爱国
八代贫农根正苗
远山劲松傲然孤独千秋万代一统浆糊

很有可能覆盖率太低而分不出,否则会提到的。
一统浆糊 发表于 2017-10-20 22:44
有这个可能性,因为之前媒体采访时说是拼凑式‘全序’,不排除y上读取数据有限~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
这次的原始数据已经公布了,但是其中没有包含Y
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?run=ERR1910473
本帖最后由 guwei0001 于 2017-10-21 16:52 编辑
觉得这种绿色的成分不应该被称作印度成分,或者是受印度影响,比较可能是在南亚和南岛人南下之前当地的土著成分,当然这些土著和南印度人群是比较接近的
Lep1dus 发表于 2017-9-19 20:09
http://www.doc88.com/p-4971262519107.html
高棉.png

   付团队这次发布的这张现代智人“源流谱系图(上面的图3D)”来看,有一个现象值得我们高度重视,目前发现的亚欧尼人可以分为五大类(稍微宽泛一点是六类,因为丹人其实也是94%的尼人混了6%的另一种‘海德堡远亲’的成分),其中有一类对我们现在的“非非洲裔(更准确的说是nAA后裔而不是OoA后裔)”影响最大,从图中来看,是咱们‘出非洲祖先’与非洲亲戚以及与彼时非洲亲戚差不多的所谓的‘Basal Eurasian’分离之后,与亚洲尼人有一次较大大规模的混合,极有可能发生在西南亚靠近波斯湾附近。...
imvivi001 发表于 2017-10-13 19:38
今天在外边,目前还没有认真看原始数据。不过感觉这次付团队没有认真研究onge人群的常染成分,这个很有可能是一个不容忽视的疏忽~
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这次的原始数据已经公布了,但是其中没有包含Y
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?run=ERR1910473
wmch_928 发表于 2017-10-21 15:26
测序数据应当有,下载看看。
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http://www.doc88.com/p-4971262519107.html
guwei0001 发表于 2017-10-21 16:49
这个大家应该都知道的,但中南半岛所有绿色成分都是印度来的呢?个人在上面已经表达了反对的理由,南岛人带去澳洲不带蓝色的绿色成分不可能从印度来的,而且你上面所举的印度影响时间上也低于南岛人南下时间。个人觉得你上面所说的具有启发性的观点是东南亚土著常染分析中会被计算成一部分绿色一部分紫色这一点,虽然个人有点怀疑,因为整个东南亚和澳美地区在能航海的南岛人南下之前地理阻隔是明显严重的,但还是承认有很大可能性和合理性,所以还要再想想。很多常染分析算法往往缺少纯粹的澳美成分,所以分析起来有困难
还有一个问题。
为什么古人的特异突变数,或者说是遗传距离(红星)往往比现代人(黄星)要多?
岂不闻时间长而突变多乎?好像这些古人是来自未来。
一统浆糊 发表于 2017-10-14 21:13
古DNA降解或者发生其它变化的多,导致测出不少假突变。
O3a3c* (M134+, M117-)
古DNA降解或者发生其它变化的多,导致测出不少假突变。
hercules 发表于 2017-10-26 21:13
谢谢,这样的话看待古代数据要谨慎。
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泛亚的图里面 Agta\Aeta也有印度成份。
guwei0001 发表于 2017-9-20 13:17
我认为应该谨慎使用‘印度成分’的概念。我们知道,根据reich博士的成名作,绝大多数不分种姓的印度人都是ANI与ASI二元结构,但是印度的南北方成分与中国的南北方成分完全不同,其Fst差距之大,差不多等于‘东亚’(以北方汉族为代表)与‘小亚’(以现在的火鸡国为代表)之间的差距~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
发现一个单纯的东南亚人种——Igorot,居住在菲律宾吕宋山脉的南岛民族
guwei0001 发表于 2017-9-17 22:07
非常有意思,这个族系居然是几乎纯血的华南成分的南岛族群。
Igorot是菲律宾南岛人对他们的称呼(I-go-rot:夷-岳-区,山区人之意),不过Igorot认为这个称谓带有冒犯之意,他们喜欢自称Ipugao(也是山区人的意思)

Ipugao族之前普遍具有‘猎头’风俗,民风强悍,连当年西班牙殖民者也让避三分,尽管西班牙人非常觊觎他们控制的金矿矿脉。其中的主要部族Isnag人自称祖先来自中国南部,下面这个Ipugao男性与我的一个号称几代纯血的浙江同学在相貌与体形上长得酷似:

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有一个疑问,既然田园洞人没测出Y,那根据什么说 田园洞人没有直系后裔传下来,常染和Y是两回事吧,经过4万年,如果有后代存世,那虽然Y相同,但是后代和4万年前的祖先,DNA片断也应该没有多少重合。还有我觉得都测得那么细了,那至少 C,D,E,F这样的级别应该能分出来吧。或者说连Y都没有,怎么确定是走出非洲的那批,还有可能是父系尼人,丹人,母系是走出非洲的那批呢,如果拿常染说事,那父系尼人,和走出非洲的那批人混了100代,常染看不出来什么尼人成分了。总之,连Y都没测出来,就推出各种结论,这结论可靠性又有多少呢。
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