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第一批数据中有3个M119,其中两个是F492,巧的是这两个F492的样本都是有22个私有位点(在计算年龄区间的),经计算年龄都在3432年左右。
风虎云龙 发表于 2017-7-25 00:00
如果这例F656的私有位点是22的话,实际上已经大大提高了F492的共祖时间,因为yfull计算F492共祖时间所用的F656只有15个私有位点,算出来的共祖时间才2250年。
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继续上干货,这次5个F316高通,其中4个F155,2个F813,1个Y20928。试算的F813的年龄(2290ybp)与之前yfull用YF05560、YF05557两个样本计算F813年龄(2239ybp)接近,Y20928年龄到了2021ybp,F155的年龄有2732ybp。正好这几个样本也都会送到yfull分析,到时候可以对比一下计算的年龄。
F316.png
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大样本量的芯片数据显示,F155约占全国的2%,其中F155+,F813-约占F155四分之一的比例,Y20928约占F155的五分之一的比例。
如果这例F656的私有位点是22的话,实际上已经大大提高了F492的共祖时间,因为yfull计算F492共祖时间所用的F656只有15个私有位点,算出来的共祖时间才2250年。
豢龙氏 发表于 2017-7-25 09:05
也不会拉高多少,3432+2251=5683除以个2等于2841年。但这次我FGC的私有SNP不太多,估计算F492最近共祖才两千多年不到三千年,估计加上安徽贡拿到YFULL去算的话F492最近共祖在3100-3200年左右。
姓氏Y染色体样本快递团购群,群号码:218755506
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没测SNP的勿进
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-7-25 12:47 编辑
继续上干货,这次5个F316高通,其中4个F155,2个F813,1个Y20928。试算的F813的年龄(2290ybp)与之前yfull用YF05560、YF05557两个样本计算F813年龄(2239ybp)接近,Y20928年龄到了2021ybp,F155的年龄有2732ybp。正好 ...
风虎云龙 发表于 2017-7-25 10:50
重新匹配了一下漯河刘的17 str数据,1000年上下共祖的样本如下,其中可能含一些偶然巧合17str相似的样本,特别是突变越多非同群的可能性越高。另外,一个位点超出1步突变的样本也暂时未列入。

http://www.ranhaer.com/viewthread.php?tid=19766&extra=&page=2

相似样本涵盖多个地域与不同姓氏的汉族样本,也包括一些来自朝鲜、满、蒙古、彝、藏、乃至高加速达吉斯坦地区的样本,是一个一千年前后剧烈扩张的家族。

我个人认为这个家族应当重点在唐宋以后,某些未受政权更迭影响,世袭爵位的豪绅世家考虑。皇族都不可能这么稳定的繁衍生息。我测的这个元朝后裔,王氏,我怀疑是北方某些本土豪绅,与丞相脱脱家族有过联姻。
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新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。

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本帖最后由 SNPEC 于 2017-7-25 13:03 编辑
重新匹配了一下漯河刘的17 str数据,1000年上下共祖的样本如下,其中可能含一些偶然巧合17str相似的样本,特别是突变越多非同群的可能性越高。另外,一个位点超出1步突变的样本也暂时未列入。
http://www.ranha ...
Yungsiyebu 发表于 2017-7-25 12:36
F316做了Y全序的7个人,六刘一高,17STR的差距基本都在一两步,但是高通结果来看,图在本贴中,和我共祖最近的一个也是2000年,两个F813-和我17STR都是只差一步,共祖却在2700年,不清楚你计算的1000年是依据什么原理?
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-7-25 13:20 编辑
F316做了Y全序的7个人,六刘一高,17STR的差距基本都在一两步,但是高通结果来看,图在本贴中,和我共祖最近的一个也是2000年,两个F813-和我17STR都是只差一步,共祖却在2700年,不清楚你计算的1000年是依据什么原 ...
SNPEC 发表于 2017-7-25 13:02
参考薛等对cluster star的估算。str可以提供粗略的估算,偶然相似无法排除。我最近测的一家未出五福的冯氏样本,有2步突变差异,而且两个突变都在突变率较低的基因座上。
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参考薛等对cluster star的估算。str可以提供粗略的估算,偶然相似无法排除。我最近测的一家未出五福的冯氏样本,有2步突变差异,而且两个突变都在突变率较低的基因座上。
Yungsiyebu 发表于 2017-7-25 13:10
已有两个yfull分析的拿到了500STR,差距也很小。本次测试的5个人也会上yfull,拿到STR再对比。
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-7-25 13:30 编辑
已有两个yfull分析的拿到了500STR,差距也很小。本次测试的5个人也会上yfull,拿到STR再对比。
SNPEC 发表于 2017-7-25 13:24
全部数百个Y-STR,肯定是精度最高的,要高于SNP,全基因组测序还是最终的理想解决方案。17 str作为粗略工具,主要基础提供线索。
不过,目前缺少数据用来评估数百个str各基因座的突变率。一般而言,家系突变率通常都得最少1000+样本,估计一时半会这个基础数据很难有。
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F155的试算年龄有2732ybp,去汉高祖有四百余年,不知道是因为现有样本的局限或算法的误差导致年龄假高,还是真的可能接近他的真实年龄。如果真的接近这个年龄的话,那就有可能对应到晋国大夫士会,有记载:“(士)会适秦,归晋,有子(士雃)留於秦,自为刘氏。
全部数百个Y-STR,肯定是精度最高的,要高于SNP,全基因组测序还是最终的理想解决方案。17 str作为粗略工具,主要基础提供线索。
不过,目前缺少数据用来评估数百个str各基因座的突变率。一般而言,家系突变率通 ...
Yungsiyebu 发表于 2017-7-25 13:27
我这里有很多个有数百个y-str数据的样本,他们也做过Y全序,你可以用你的str算法算算他们的共祖时间吗?
认为通过增大Y-STR的数量能提高计算共祖的精度,现在来看还是一厢情愿,不服的话我就提供数据,你来算。
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-7-25 14:23 编辑
我这里有很多个有数百个y-str数据的样本,他们也做过Y全序,你可以用你的str算法算算他们的共祖时间吗?
风虎云龙 发表于 2017-7-25 14:17
用Network粗略估算即可,都是这个粗估。
我不清楚非重组区,能call出多少str,如果也有一部分的话,最好加大str数量,17str确实精度有限。
参考yhrd汇总突变率。
https://yhrd.org/pages/resources/mutation_rates
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国外出过67Y-STR全同的两个样本,结果y全序计算共祖年龄在2千年以上,如果这两个样本用STR计算共祖年龄,是给出0呢,还是给出300年之内?
国外出过67Y-STR全同的两个样本,结果y全序计算共祖年龄在2千年以上,如果这两个样本用STR计算共祖年龄,是给出0呢,还是给出300年之内?
风虎云龙 发表于 2017-7-25 14:22
以0.0029估算,0-3代,0-75年。区间0-12代,0-300年。
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用Network粗略估算即可,都是这个粗估。
我不清楚非重组区,能call出多少str,如果也有一部分的话,最好加大str数量,17str确实精度有限。
参考yhrd汇总突变率。
https://yhrd.org/pages/resources/mutation_ra ...
Yungsiyebu 发表于 2017-7-25 14:21
不是17个STR,是几百个STR,你觉得这个计算共祖的精度可够。
以0.0029估算,0-3代,0-75年。区间0-12代,0-300年。
Yungsiyebu 发表于 2017-7-25 14:26
他们的Y全序数据用SNP计算的年代是2千多年前共祖,你觉得这两个人是0-300年共祖还是2千年前共祖?
不是17个STR,是几百个STR,你觉得这个计算共祖的精度可够。
风虎云龙 发表于 2017-7-25 14:27
FTDNA Y‑111 给出的突变率是
0.0026,我觉得可以试试。

因为str突变率高,精度更佳,理论上,数百个str要优于snp的估算,但缺少各基因座具体的突变率。
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他们的Y全序数据用SNP计算的年代是2千多年前共祖,你觉得这两个人是0-300年共祖还是2千年前共祖?
风虎云龙 发表于 2017-7-25 14:29
几十个str肯定只能作为初筛参考了。不过,67str全同,还差这么多,确实会让法医很头疼。
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我觉得17str作为初筛工具,还是以尽可能不要漏样本为准,以曹操两支后裔为例,17个基因座12步突变差异,53代共祖。我上文提到案例,五福内同村样本,2步突变差异。str的突变率是非常高的。
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