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尼泊尔古DNA:Mebrak M240 0.007x覆盖度Y-SNP分型

本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-8-6 21:36 编辑

Long-term genetic stability and a high-altitude East Asian origin for the peoples of the high valleys of the Himalayan arc,报道的8例古DNA中有4例男性,其中3例M117+,1例D,另外一例M240样本,因为Y染色体的覆盖度只有0.007x,38万+位点信息,所以未给出分型结果。

NGS的好处是,即使深度只有0.007x,也覆盖了5900万+全序列中的38万+位点信息。所以,很有必要尝试对这个样本进行分型。大致操作时是Bam文件导出全部有突变(或者疑似有突变)的位点信息,大约9200+个位点有(或者可能有)突变。然后,与1000G样本突变位点基因型比对,其中28个位点1000G样本也存在突变。

以此作为分型基础,结果发现,M240号样本与HG00881 CDX Dai CTS1642+ CTS5308+ Y34065+样本,在28个位点中,存在10个共享突变。虽然中间有好几层位点缺失,但还是有很大把握将0.007x M240样本,推测为CTS1642+ CTS5308+ Y34065+。

这28个在1000G存在的突变位点,有9个在Yfull的Marker列表中。以前跟这些marker比对,真的分不出型来,都是突变率较高的点。

文件包括:分型结果、Bam导出的突变列表。http://pan.baidu.com/s/1i5h5d4L
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
覆盖了Y染色体上38万个位点,其中有9200多个突变,你这玩笑开得实在大。
与M240有9个突变位点吻合的,多数是F5+。
No.Populationlocation,freSNPHalpogroup
HG00881CDXDai1CTS1642 CTS9713O3a3b2
HG01810CDXDai1CTS1642 Y7080O3a3b2
HG02355CDXDai1CTS1642 Y7080O3a3b2
HG02367CDXDai1F46O3a3b2
HG02371CDXDai1CTS1642* BO3a3b2
HG02375CDXDai1CTS5063 AO3a3b2
HG02379CDXDai1CTS1642 Y7080O3a3b2
HG02380CDXDai1CTS1642 Y7080O3a3b2
HG02383CDXDai1CTS1642 Y7080O3a3b2
HG02391CDXDai1CTS1642 Y7080O3a3b2
HG02406CDXDai1CTS1642 Y7080O3a3b2
NA18546CHB1F46O3a3b2
NA18557CHBBeijing1F438 F316O3a3b2
NA18562CHB1F46O3a3b2
NA18572CHB1F46O3a3b2
NA18609CHB1O3a3
NA18622CHBBeijing1F438 AO3a3b2
NA18623CHBBeijing1CTS7634/F3599 AO3a3b2
NA18624CHBBeijing1M1706*O3a3b2
NA18635CHB1Y12*O3a3b2
NA18648CHB1F46O3a3b2
HG00589CHS1F46O3a3b2
HG00683CHS1F46O3a3b2
NA18945JPT1M1706*O3a3b2
NA18959JPT1F46O3a3b2
NA19062JPTJapan1F438 AO3a3b2
NA19072JPT1Y8389O3a3b2
NA19076JPT1O3a3
NA19083JPTF1725 Y312551F1725O3a3b2
NA19085JPTJapan1Y8389 F666O3a3b2
NA19086JPTJapan1M1532O3a3b2
HG01852KHV1CTS7634 F2188 F317O3a3b2
HG01860KHV1F46O3a3b2
HG01864KHV1F46O3a3b2
HG01866KHV1CTS1642 Y7080O3a3b2
HG02050KHV1F1725 *O3a3b2
HG02058KHV1F46O3a3b2
HG02082KHV1CTS5063 CTS1154O3a3b2
HG02122KHV1CTS7634/F3599 F317O3a3b2
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
覆盖了Y染色体上38万个位点,其中有9200多个突变,你这玩笑开得实在大。
风虎云龙 发表于 2017-8-6 21:38
多数可能是同源片段。


chrposrefreadsresultsquality
chrY103999c1.-1Ag
chrY119587G1Ak
chrY119605G1Ag
chrY135342G1aD
chrY135580G1Ak
chrY136053C1Tn
chrY136070G2.tk7
chrY136130G1aB
chrY136507C1tI
chrY137053C1Tn
chrY137057C1Tn
chrY145360t1c/
chrY157871g1aB
chrY157872g1aB
chrY259136c1Tc
chrY259169g1Ag
chrY261443C1TF
chrY261473C1TI
chrY262325g1cI
chrY262347g1aF
chrY263093C1TB
chrY267235g1An
chrY267860c1tI
chrY272316G1a@
chrY272318G1a@
chrY273691C1T]
chrY273702C1Ta
chrY274833G1aF
chrY282128G1Aj
chrY285806G1An
chrY285834G1a<
chrY286416G1a<
chrY291611G1Aj
chrY292042G1An
chrY292069G1An
chrY310532c1tF
chrY310539c1tF
chrY311944t1CT
chrY313827g1ak
chrY314552G1AI
chrY314563C1TI
chrY321568c1tq
chrY338010G1aF
chrY338236t1Cn
chrY342801t1C<
chrY352179c1an
chrY359910A1gI
chrY359933G1an
chrY367238g1tF
chrY367244c1tI
chrY372461g1Aa
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新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
这个3400年前的F5“戎狄”真能跑,居然翻越了喜马拉雅山,是骑马过去的吗?
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
这个3400年前的F5“戎狄”真能跑,居然翻越了喜马拉雅山,是骑马过去的吗?
imvivi001 发表于 2017-11-19 20:01
3000多年前还能窝在西北才奇怪,西北青铜文化的南迁,远比这个年代早得多,无非一个终点而已。
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新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
3000多年前还能窝在西北才奇怪,西北青铜文化的南迁,远比这个年代早得多,无非一个终点而已。
Yungsiyebu 发表于 2017-11-19 20:56
"西北青铜文化南迁",请给一个具体点的时间。
极品猥琐凤凰眼镜生物党棍左棍五毛愤青爱国
八代贫农根正苗
远山劲松傲然孤独千秋万代一统浆糊
看来傣族确实也有西北藏缅血统,跟我推测的差不多
探究人类学真相,为南方民族发声
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