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入睡前胡乱联想到一个‘奇思怪想’。如果小云老师说的‘青铜初期印欧人’所向披靡现象的确存在,那他们身上携带的这种可怕的病毒或许是一个‘神秘武器’或者说是一个‘杀手锏’,因为他们自己早已经具备良好的免疫力(相对而言),加之早期‘耶菌’还没有发生‘伤寒变异’。不过对于他们的竞争者来说,可能已足以使得对方逐渐丧失竞争力了,会不会呢?

看来欧洲人声称的“美洲土著大规模灭绝于欧洲人带来的病菌,而不是欧洲人的种族屠杀‘,或许也有几分道理呢,呵呵。(戴蒙德当年在他的名著中是如何阐述的,现在一时记不清了)
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本帖最后由 cytrug9 于 2017-9-6 15:29 编辑

77# imvivi001 桑心。我就是比较好奇为啥之前您来一句贝加尔不是西伯利亚的反问?之前不是说到最早的鼠疫来自阿凡那谢沃文化吗,这个文化分布在米努辛斯克盆地而非贝加尔吧。这个反问让我严重怀疑自己考古知识巨烂。另外,我想表达的是,我记得您转载第一个研究的时候说是来自中亚,这个与传统研究符合,更加赞同一点。。虽然分子生物学研究打破旧有观点的例子也很多
80# imvivi001 啊~~看了这个,我在想之前是不是钻牛角尖了。比如您提到非洲很早就有鼠疫杆菌,这里又提到欧洲也很早。会不会无论查士丁尼瘟疫还是14世纪黑死病都无须非要和某个起源地相联系?毕竟鼠疫杆菌已经分布很广泛了嘛。如果非洲的类型早于5世纪,而欧洲(东欧)的类型也很早的话,那么传统上认为查士丁尼瘟疫来自北非,14世纪黑死病来自里海或者中亚并未显得过时
82# cytrug9
是的,阿凡那谢沃文化主要分布在包括米努辛斯克盆地在内的南西伯利亚地区而非贝加尔,是我把它与玛尔它mal'ta文化的位置搞混了。 不过阿凡那谢沃文化依然处于西伯利亚区域,还没到中亚。
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欧洲-亚洲-致命鼠疫杆菌-关系图1.jpg
2017-9-7 00:17


欧洲-亚洲-致命鼠疫杆菌-关系图2.jpg
2017-9-7 00:17



以上两幅图的信息量非常大,基本说明了旧大陆与非洲的’耶氏鼠疫杆菌’发展的脉络(假定目前的样品量足够的话)

就目前研究的进展来看,非洲的Y.杆菌应该是源自欧亚大陆,而且极有可能源自铜石至青铜时期的西欧亚的‘印欧人群’或‘高加索人种人群’,或许是因为他们在很长一段时间内不断地南下,从而带去了他们种群普遍携带的Y.杆菌,一直蔓延到非洲(北非如埃及与东北非如埃塞)。从上面这俩图来看,是在很早以前就已经发生了。这个也与考古学的发现以及近年来的分子人类学的研究成果相吻合~
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本帖最后由 cytrug9 于 2017-9-7 18:18 编辑

84# imvivi001 嗯。那就没有问题了,今天上电脑看了一下您提到的研究。虽然很多专业知识不太懂,但是研究本身应该是完全没有提到查士丁尼瘟疫跟西伯利亚游牧民西进有关的。也许是您的猜想那么,如同您后文所揭示的,鼠疫杆菌很早就遍布了非洲与旧大陆,这么一来研究瘟疫起源,就不该去纠结最初的起源地了,毕竟后来分布的很广泛的话,无论哪里都可能是瘟疫的起源。比如查士丁尼那次应该就是埃及那一带起源,14世纪那次语焉不详但估计是里海周边起源,19世纪肯定是云南本土起源。黑死病这个问题挺复杂的,涉及挺多领域研究,研究历史也很悠久。还有谢谢您的资料与解读
84# imvivi001 嗯。那就没有问题了,今天上电脑看了一下您提到的研究。虽然很多专业知识不太懂,但是研究本身应该是完全没有提到查士丁尼瘟疫跟西伯利亚游牧民西进有关的。也许是您的猜想{:8_214 ...
cytrug9 发表于 2017-9-7 18:16
猜测查士丁尼瘟疫与西伯利亚游牧民西进有关,是我在初读2013年之前的研究成果的一个猜测,这个我在其后研读了2013年之后的研究成果之后已经做了修正,你的读贴思路看来没有跟上趟
    至于你说“研究本身应该是完全没有提到查士丁尼瘟疫跟西伯利亚游牧民西进有关的”,视乎研究者本身的水平,千万不要迷信任何‘研究者’,毕竟他们当时也会有局限性(取决于当时的样本量或自身的水平or whatever~)。之前我在本坛介绍当代科技天才钱永健博士与现代基因学泰斗J. Watson激烈争论时说的那句名言:You should take all elderly scientists with a grain of salt—including me. 其实是颇具启示性的。
    事实上,当年声称找到了“中国是欧洲三次鼠疫杆菌瘟疫的源头”的那些欧洲科学家(包括他们的中国合作者),即便是在当时来评判,也足以显示出他们思辨能力的轻薄与浅薄~
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...如同您后文所揭示的,鼠疫杆菌很早就遍布了非洲与旧大陆,这么一来研究瘟疫起源,就不该去纠结最初的起源地了,毕竟后来分布的很广泛的话,无论哪里都可能是瘟疫的起源。比如查士丁尼那次应该就是埃及那一带起源,14世纪那次语焉不详但估计是里海周边起源,19世纪肯定是云南本土起源。黑死病这个问题挺复杂的,涉及挺多领域研究,研究历史也很悠久。还有谢谢您的...
cytrug9 发表于 2017-9-7 18:16
谈不上纠结,不过对事物发生的本源感兴趣,可能是人类天性,同时好像也是一个哲学问题,就好像现在的老百姓(中国的或欧美的),都会对某古希腊哲学家的“哪里来哪里去”这个终极性哲学问题大肆调侃,但是这并不妨碍人类精英依然孜孜不倦地在寻求答案,感觉正因为如此,人类才能不断地进步...


目前可信度较高的专业科研成果已经足以下一个阶段性的结论,那就是:就目前对已知的耶氏鼠疫杆菌病毒样品的科研来看,其源头应该是在“古欧洲人”或“高加索人种人群”之中(以置信度为判别标准),尽管大多数欧美人还难以接受这一令人尴尬的结果。


至于你说“查士丁尼那次应该就是埃及那一带起源,14世纪那次语焉不详但估计是里海周边起源,19世纪肯定是云南本土起源。”,未必准确。一、查士丁尼那次源头是不是埃及,很可能是,但是目前还缺少当时埃及样品的实证,同时也缺少同时期波斯方面瘟疫的历史资料做比对,目前只能说埃及的嫌疑最大;2、说14世纪那次估计是里海周边起源,这个更不可靠。起码蒙古-突厥西征大军的嫌疑就比里海大得多;3、19世纪那次就一定是云南本土起源吗? 何以见得?(目前我还在研究之中,稍后再与大家分享)
     但是目前有一点可以肯定,那就是这三次的最初源头都在铜石时期的“古欧洲人”或“高加索人种人群”之中(就目前的实证与科研成果的确如此)。
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有一点必须向大嘴博士willerslev的豪华团队致敬,尽管他们应该非常清楚他们的科研成果会令他们的欧美同胞倍感尴尬,但是他们依然毫不犹豫地把他们的科研成果公之于众,这才是真正的‘吾爱吾师,但更爱真理”古希腊精神(或传说中的古希腊精神)! 是他们的种族得以不断地进步的根本~
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本帖最后由 cytrug9 于 2017-9-8 12:35 编辑

87# imvivi001 嗯嗯,可能是我误读了,我一开始还以为是研究里的推测。不迷信是肯定要的,比如这个多国科学家认为鼠疫来自中国就让人不敢相信嘛,几乎无法对应旧有成果~~~
88# imvivi001 那就期待您以后的分享啦。还有一个就是查士丁尼瘟疫跟波斯有关系怕是站不住,毕竟就国内的学者所引进的关于瘟疫的研究来看,比较肯定它是从非洲传到欧亚的。即便有学者用时髦的鼠疫起源中亚的理论(陈志强提到的),那也是一个从亚洲转口到非洲再到欧亚的观点,埃及瘟疫那条线挺明确的。14世纪那次,不知为何跟蒙古突厥大军有关?据我所知,瘟疫的爆发是在西征过后发生的,虽然依旧是起源于金帐汗国境内,但是这个跟突厥蒙古大军不太好直接联系,把瘟疫指向蒙古军队是依据一个攻城之时投石机扔尸体进卡法传播疾病的史料,因为与传播路径的相符受到研究人员很大重视,这也是大众视野蒙古与黑死病对应的一个来源。但是,这个史料本身的记述者德米西并非目击者,并且他对传播路线的记载从属于一种天谴说的描述,渲染色彩浓厚。因此我觉得跟蒙古人,突厥人联系起来缺乏依据。战争是重要传播手段而非唯一手段。可以观察到,现代研究人员很多都是持战争传播相反的观点,比如有一种蒙古繁荣了欧亚贸易,打破了各国之间的藩篱,导致黑死病经商路传播的说法。。。。
91# cytrug9
看大嘴博士团队的论文,对崔玉军博士(中国病原微生物生物安全国家重点实验室)团队的2013年的科研成果高度重视,不妨转发如下,仔细品味一下:


Historical variations in mutation rate in an epidemic pathogen, Yersinia pestis
http://www.pnas.org/content/110/2/577.abstract

作者团队几乎囊括中国病原微生物学界的顶尖人物,还包括大名鼎鼎的Achtman教授(看说明属于友情助阵):
崔玉军a,b,1, Chang Yub,1, Yanfeng Yana,b,1, Dongfang Lib,1, Yanjun Lia,1, Thibaut Jombartc,1, Lucy A. Weinertd,1, Zuyun Wange, Zhaobiao Guoa, Lizhi Xub, Yujiang Zhangf, Hancheng Zhengb, Nan Qinb, Xiao Xiaoa, Mingshou Wug, Xiaoyi Wanga, Dongsheng Zhoua, Zhizhen Qie, Zongmin Dua, Honglong Wub, Xianwei Yangb, Hongzhi Caob, Hu Wange, Jing Wangh, Shusen Yaoi, Alexander Rakinj, Yingrui Lib, Daniel Falushk, Francois Ballouxd,2, Mark Achtmank,2, Yajun Songa,k,2, Jun Wangb,2, and Ruifu Yanga,b,2


Abstract

    The genetic diversity of Yersinia pestis, the etiologic agent of plague, is extremely limited because of its recent origin coupled with a slow clock rate. Here we identified 2,326 SNPs from 133 genomes of Y. pestisstrains that were isolated in China and elsewhere. These SNPs define the genealogy of Y. pestis since its most recent common ancestor. All but 28 of these SNPs represented mutations that happened only once within the genealogy, and they were distributed essentially at random among individual genes. Only seven genes contained a significant excess of nonsynonymous SNP, suggesting that the fixation of SNPs mainly arises via neutral processes, such as genetic drift, rather than Darwinian selection.


    However, the rate of fixation varies dramatically over the genealogy: the number of SNPs accumulated by different lineages was highly variable and the genealogy contains multiple polytomies, one of which resulted in four branches near the time of the Black Death. We suggest that demographic changes can affect the speed of evolution in epidemic pathogens even in the absence of natural selection, and hypothesize that neutral SNPs are fixed rapidly during intermittent epidemics and outbreaks.

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92# imvivi001 嗯,这个能打开,车上扫看了几段Y. pestis evolves clonally and has only very limited genetic diversity (12). Phylogeographic analysis of a global collection of isolates showed that these bacteria have spread repeatedly from China        从中国扩散??
we were unable to evaluate the relative importance of geography and ecology in shaping the population structuring of Y. pestisin China. However, we note that the deepest branching lineage of the genealogy, 0.PE7, has only been isolated in the Qinghai-Tibet Plateau in China, and that most isolates from western and southern China were located near ancient trade routes designated as the “Silk” and “Tea-Horse” Roads, which crossed in the Qinghai-Tibet Plateau (Fig. 1B). These observations suggest that plague may have originated in or near the Qinghai-Tibet Plateau and was transmitted between rodent populations by human travel along the ancient trade routes.起源地是青海???
好吧,我也有点纠结了。。。
93# cytrug9
不必纠结,彼时他们还不知道大嘴博士他们团队已经开始检测‘欧洲古人’,井底之蛙难免会得出残缺的结论(也可能受Achtman教授的影响,毕竟Achtman就是一个明显倾向于认为耶氏鼠疫杆菌起源于中国的推动者,许多研究者均受到他的影响),所以搞科研需要坚强的思辨能力,不过这一点对于大部分学者来说并不容易)

不管怎么样,崔团队搞清楚了中国大部分病菌的‘近期’源流,为大嘴博士团队全面揭开亚欧大陆的‘耶氏鼠疫杆菌’的源流奠定了基础~
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本帖最后由 cytrug9 于 2017-9-9 00:28 编辑

94# imvivi001还有两段挺有意思,对于分子生物学所知太少~~难免会解读错误~~见谅~~~~
. Our dating estimates now cast doubt on our previous proposal that major voyages from China to Africa at the beginning of the 14th century brought 1.ANT to East Africa because those voyages predated the age of 1.ANT
这是个啥过程?(笑)
Finally, we raise the possibility that strain Angola (0.PE3) might have been associated with the Justinianic Pandemic spread from Africa to all of Europe.
这一段更有意思了,上一段是14世纪的,这一段是査士丁尼瘟疫,说明了査士丁尼瘟疫是Angola病毒引起,而这个Angola从非洲扩散到欧洲,符合之前判断。不过,您说的几个问题中的从哪儿来貌似没有太多着墨,应该是起源非洲?还是说是鼠疫的一个分支系统。文中含糊地指向欧非起源。最后,这个与您和一统浆糊讨论的据说起源美国的Angola病毒是个啥关系??(笑)
看图说话:
崔-亚欧-Y鼠疫杆菌-共祖图1.jpg
2017-9-9 00:37



可以明显看出崔团队当时所犯的错误。1、仅仅因为他们只迷信 lognormal model一种算法,就贸然否定来自美国军事学院实验室的‘angola病菌的测年准确性。事实上,他们参与的更早期的一次中外联合研究项目中,已经给出两种算法,其中发育树明确显示来自中亚西伯利亚的0.PE2以及来自非洲的angola病菌更为古老,这个我在第一页已经列明了。而且他们同时否定来自中亚西伯利亚0.PE2在发育树上的更为古老的位置,则更令人费解。
2010年一个欧美与中国专业研究者共同参与的团队根据全序基因检测分析结果,共同发表在nature上的科研结果,最古老的鼠疫耶尔森氏菌(Yersinia pestis)0.PE2类型来自中亚某地,2600年前与其他地区类型分离:
Nat Genet. 2010 Dec;42(12):1140-3. doi: 10.1038/ng.705. Epub 2010 Oct 31.
Yersinia pestis genome sequencing identifies patterns of global phylogenetic diversity.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21037571
Morelli G1, Song Y, Mazzoni CJ, .., Li Y, Cui Y, , Yang R, Carniel E, Achtman M.  ...
imvivi001 发表于 2017-9-1 00:39
2、此时已经有查斯丁尼瘟疫的病菌基因组数据出台,不知为何他们不加入做比对?(见上面我的箭头标识以及文字说明)


   总的来看,崔团队的这项研究,似乎是在刻意迎合他们的偶像‘奥特曼教授Achtman’,力争说明“中国不单是文明古老,是世界多项科技的发源地,同时拥有的鼠疫杆菌也最为古老,是这个令全世界闻声色变的病菌的最终故乡”,其思辨能力与追求’桂冠’的憨态,实为可掬也,呵呵~
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96# imvivi001 嗯。关于与10年成果的冲突确实比较怪异~~~~也许可以观察一下。应该不至于曲解前人成果。其实,撇开这点(虽然比较关键),感觉可以做一个阶段性的小小的总结了,谢谢您在这个话题的资料与解读最古老的鼠疫杆菌来自中亚或西伯利亚,而后査士丁尼瘟疫的来源是非洲angola病毒(angola本身应该起源非洲吧,一开始还以为你和一统浆糊讨论的是一支起源美国的病毒,狂汗),印证了传统研究的成果,即瘟疫从非洲传到欧洲~~14世纪瘟疫依旧非常复杂,就目前而言,传统认知是里海周边起源问题不是很大,而传播集中在里海以西,分子生物学看来也不能做出别的什么迁徙与起源的解读。也许您有更好的意见?(笑)云南那次既然您有高见,就坐等您以后的分享啦
  ...最古老的鼠疫杆菌来自中亚或西伯利亚,而后査士丁尼瘟疫的来源是非洲angola病毒(angola本身应该起源非洲吧,一开始还以为你和一统浆糊讨论的是一支起源美国的病毒,狂汗),印证了传统研究的成果,即瘟疫从非洲传到欧洲~~14世纪瘟疫依旧非常复杂,就目前而言,传统认知是里海周边起源问题不是很大,而传播集中在里海以西,分子生物学看来也不能做出别的什么迁徙与起源的解读。也许您有更好的意见?(笑)
cytrug9 发表于 2017-9-9 01:27
看来你还是没有搞明白我在本帖整理的一系列专业团队的科研成果。

1、最古老的鼠疫杆菌并不是来自中亚或西伯利亚,而是来自欧洲(东欧、中欧和北欧)以及亚美尼亚地区,全部都是与铜石至青铜早期的‘古印欧人’(或更准确的说,与CHG血统密切相关的人群,或者称之为“高加索人种人群”更准确);


2、査士丁尼瘟疫的‘病菌’与angola病毒(疑似非洲来源,目前保存于美国军事学院实验室,来源目前存在疑点)没有直接的谱系继承性,存在前后的亲缘性(也包括与之前的‘古印欧人’的病菌)。因此不能武断地咬定就是非洲回流传染给查斯丁尼的拜占庭人民的。只是存在这种可能性,而且从史料记载来看,很有可能。(希望这次你能读懂我这一段话的意思)


3、至于你说“14世纪瘟疫依旧非常复杂,就目前而言,传统认知是里海周边起源问题不是很大”,目前没有任何的实物证据或相应的科研成果可以支持这种猜测~
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本帖最后由 cytrug9 于 2017-9-9 19:43 编辑

98# imvivi001 嗯~~刚刚反思了下,读帖确实挺仓促,抱歉啦,这几天没仔细看您整理的。估计到国庆会有时间吧,届时再来全面看一下。您说的可能是对的,不过这个问题还远未到解决的时候,也许哪天就有新材料了,笑。至于所有诸如此类的研究,与传统学界冲突的地方,也许还需要进一步的学科交流。再观察观察吧
本帖最后由 imvivi001 于 2017-9-10 01:18 编辑

99# cytrug9
  看本楼扭腰时报的帖子,不由得想起若干年前那个薄哥公审会的笑话。一开始是一出法制正剧,后来转变成一场谋杀悬疑剧,再后来变成一出家庭伦理剧,再后来变成一出三角恋情欲剧,再后来变成一出咬来玩去的闹剧。
     其实扭腰时报关于欧洲三次瘟疫起源于中国的那篇文章,本来也不能怪他们的编辑部,因为文章作者也的确是根据该领域的泰斗级人物achtman教授以及其他多位欧洲专业研究者(其中包括morelli教授)的科研成果编写的,基本上没有任何添油加醋的成分。
    可是随着剧情的展开,这一场刊登在全球最具影响力之一的大报上、原本极有可能演变成一出有助佐证当年威廉二世的“黄祸理论”的道德伦理剧,逐渐演变成一出悬疑剧,那些来自中亚西伯利亚的古老分支是怎么回事? 神秘的非洲angola古老分支是怎么回事?
     再后来,随着马普所团队对所有已知样品的全序检测结果出台,悬疑剧开始演变成一出‘杨乃武与小白菜冤情剧’; 而剧情的高潮,随着大嘴博士团队的科研成果携大批‘古印欧’人群样本的闪亮登场到来了,一下子亮瞎了一大批等着看中国人笑话的西方追剧粉丝的石洞眼,令他们意想不到剧情大反转出现了。原本指望可以追看扭腰时报上的道德伦理剧,一下子变成一出颇具喜剧色彩的讽刺剧,估计如果莫里哀在世,应该也不会想到这样的剧情收场吧,呵呵~
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