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本帖最后由 一统浆糊 于 2017-11-1 13:06 编辑

第三点之证明,需要一丁点数学。根据以前讨论(http://www.ranhaer.org/thread-35951-1-1.html)过的,常染色体的突变率为4.27E-10per bp per year,即在一个DNA位点上每年发生突变的可能性是十亿分之4.27,为方便记为R。那么,一年内不发生突变的可能性为1R,记为r。两年内不发生突变的可能性为r平方,600万年不发生突变的可能性为r 600万次方。用EXCEL计算一下(如图,再加一个回车),数值为0.997441。科学上,大于95%即视为正确,大于99%就是极为正确。可见,在这个位点上黑猩猩基因上的碱基跟祖先相同的可能性极高。第三点得到了完全的证明。
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eight代 poor农 root正 shoot
正式开始。回到那个1000 genomebrowser,刷过rs53576位点的。如下图所示,点两下,将会打开一个新窗口。注意,到现在为止其实只用了两个操作。
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本帖最后由 一统浆糊 于 2017-11-1 13:22 编辑

新打的窗口是BLAST窗口。目的是用这段含有含有rs53576的片段跟黑猩猩基因组比较,看一下黑猩猩基因组里这个位置上的碱基是什么。蹦出BLAST窗口后,加如下操作,总共4个了。意思是说选择跟基因组数据进行比对。
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本帖最后由 一统浆糊 于 2017-11-1 13:45 编辑

基因组数据成千上万,一起比对太麻烦,下一步,要narrow down到黑猩猩的基因组。现在有一个惊天秘密要告诉你,黑猩猩其实姓潘名冲哥。也不是姓黑,也不是姓猩,甚至不是姓Chimpanzee,就是姓潘。写成拉丁文是pan troglodytes。总结一下(玩科学滴要善于总结)潘家的几位名人如下图,可以说他们家无论男女老少都很俊美。
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回到BLAST页面,在如下所示框里打上潘冲哥的大名。当然要用拉丁文“pan”,然后别忘了打上一个空格,后面会出一个列表。然后选择“冲哥”即“trog……”,只选这个,要是再带些乱七八糟的也不要选。又加了5个操作,共有9个了。
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本帖最后由 一统浆糊 于 2017-11-1 13:47 编辑

如下图,还有一个选项要选择一下。即“Somewhat similar sequence”,部分相似序列,因为黑猩猩基因基因组可能跟人类的有区别,故选此项。最后点一下左下角“BLAST”键。然后进入等待。11个操作了。
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本帖最后由 一统浆糊 于 2017-11-1 13:25 编辑

  中间页面变化不去管它。一般十几秒会出结果,也有可能会等几分钟。比对的程序是在NCBI的服务器里运行的,这台服务器每天处理全世界上百万的比对请求,有时候略微休息几分钟也可原谅则个。最终的结果如下图。有点儿眼花,很正常。还记得rs53576的位置乎?忘了也没关系。后面再说。
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把结果标一下,看下图:rs53576的位置在正中间的A上,如果能记住这个点是在正中间“ATCC”的A上,那么不用回头看前面的页面也记住了。我还标了一条竖着的红线来对准相应的位置。第一条比对结果也标了出来。只看第一条就够了,上面下面别的就不用看了。在相应的位置上,清楚的标示出了一个“G”。OKdone.
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  • imvivi001

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本帖最后由 一统浆糊 于 2017-11-1 13:48 编辑

   后记:尽管啰嗦了很多,但实际上只用了11个操作。我们从找到这个SNP位点开始,研究了黑猩猩,不,为了显示我们有学问,应该叫潘冲哥的基因组上相同位置上的碱基。从专业角度来说,如果手速20011个操作用时不到4秒。

   就是这么容易。(此处应该摆个造型,背景里响起掌声。)

   结论是,rs53576位点,G是野生型,A是突变型。汉族人A最多,从某种角度上来说,是这个位点上最“进化”的民族。也算是聊已自慰了。
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可以对照一下看看准不准:
情绪识别能力测试:你能读懂我的表情吗 http://www.xinli001.com/ceshi/1951
乃曼 发表于 2017-10-28 21:02
我做了这个测试,结果超平均分一点点。
这个基因可能就是高发于文化中就倾向于不苟言笑,或者羞于以面部神情表达感情的民族。
NRY: O2a1c1a1a1a1a1a1a1a1(源自粤西云浮)
mtDNA:B4d1(源自浙北慈溪)
百越人的人类学文集 http://blog.sina.com.cn/baiyueren
64# 一统浆糊
这个金莲要举报了,弄个王思懿版的或者甘婷婷版的也行啊
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lindberg 发表于 2017-11-1 17:55
心中有啥,看见是啥。
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我做了这个测试,结果超平均分一点点。
这个基因可能就是高发于文化中就倾向于不苟言笑,或者羞于以面部神情表达感情的民族。
baiyueren 发表于 2017-11-1 13:22
有没有办法测试一下这个突变有没有under positive selection?
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基因组数据成千上万,一起比对太麻烦,下一步,要narrow down到黑猩猩的基因组。现在有一个惊天秘密要告诉你,黑猩猩其实姓潘名冲哥。也不是姓黑,也不是姓猩,甚至不是姓Chimpanzee,就是姓潘。写成拉丁文是pan troglodytes ...
一统浆糊 发表于 2017-11-1 13:11
淫家是西方淫,会不会姓trog什么的名字叫做潘呢?
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
有没有办法测试一下这个突变有没有under positive selection?
一统浆糊 发表于 2017-11-1 21:06
这个也是我非常感兴趣的~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
   后记:尽管啰嗦了很多,但实际上只用了11个操作。我们从找到这个SNP位点开始,研究了黑猩猩,不,为了显示我们有学问,应该叫潘冲哥的基因组上相同位置上的碱基。从专业角度来说,如果手速200,11个操作用时不到4 ...
一统浆糊 发表于 2017-11-1 13:17
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结果AG怎么解读
说明此突变在人缘分家前就出现了。这种情况很少。
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2017-11-2 08:42

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2017-11-2 12:28

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NCBI Blast:ref|NC_000003.11| (198022430 letters)  https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
上面是倭黑猩猩的比对,看来还是蛮复杂的~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
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imvivi001 发表于 2017-11-2 08:42
小鼠基因组内没测到这个片段。
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