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79# Yungsiyebu
    请问mt是染色体吗?
imvivi001 发表于 2018-1-20 09:39
半个基因组水平的古dna都没有,拿什么足够说明?我没有时间空对空。目前证据清楚的,人骨证据和比较充分的古代mtdna证据,非常清晰的证明,现代华北组母系血统更接近北方戎狄,而与古中原各组都差异明显,仅戎狄体质特征的倗国组例外。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
81# Yungsiyebu
    那请问巴泽雷克人群以及鬼门古人身上的华南成分是如何得来的? 难道是飞跃戎狄空投过去的吗?
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
本帖最后由 MNOPS 于 2018-1-20 10:21 编辑
81# Yungsiyebu
    那请问巴泽雷克人群以及鬼门古人身上的华南成分是如何得来的? 难道是飞跃戎狄空投过去的吗?
imvivi001 发表于 2018-1-20 10:11
巴泽雷克人群我不太了解

鬼门古人身上貌似没有华南SEA成分吧,而是比较纯的EE,在常染图表上仍然接近今天的通古斯人群
鬼门古人和后套古人仍然最接近现代的当地民族,这表示着这一地区的血统从新石器时代至今变化不大,不支持有大量的南方人群北上
探究人类学真相,为南方民族发声
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-20 11:18 编辑
81# Yungsiyebu
    那请问巴泽雷克人群以及鬼门古人身上的华南成分是如何得来的? 难道是飞跃戎狄空投过去的吗?
imvivi001 发表于 2018-1-20 10:11
别胡扯了,鬼门洞是典型的北方细石器文化,任何一点南方磨制石器因素都没有,如果两个古今族群有共享因素,显然是鬼门洞通过华北影响到华南现代人群。我们从人骨观察到,南至马来爪哇,都更接近长江下游的良诸文化人群,与通常意义的华北,一河之隔。
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新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
84# Yungsiyebu
    那鬼门古人是如何影响现代华南人群的? 难道他们身上高比例的通古斯成分在华南人群中高频? 那你可要好好测一下湖南福建人身上的通古斯AIM吖,哈哈哈
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-20 11:39 编辑
84# Yungsiyebu
    那鬼门古人是如何影响现代华南人群的? 难道他们身上高比例的通古斯成分在华南人群中高频? 那你可要好好测一下湖南福建人身上的通古斯AIM吖,哈哈哈
imvivi001 发表于 2018-1-20 11:20
我说的很清楚,古东北类型是被扩张种系,青铜时代以后陆续在东北地区消失,即使ulchi也是以古东北类型为主,但也融合高比例的西伯利亚腹地成分。鬼门洞反应的是细石器文化普遍的血统在北方的影响比例,并通过华北对华南乃至东南亚的影响。

另外,在K=7时,以Dai和东南亚人群做参照,所有东亚人都有很高比例的类西伯利亚成分,这种peak出现在西伯利亚北极圈附近,如果你用典型的北亚人种中央亚细亚类型蒙古组做参照,比例会更高。很显然,中原人面对的北方游牧民族血统上显然是类似蒙古,而不是北极圈的驯鹿民族。你的问题一直在选择性看结果。
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86# Yungsiyebu
   好笑,到底是谁在选择性出示证据,请看清楚:

K13-鬼门成分-达斡尔-锡伯-赫哲-RS2017.png
2018-1-20 12:08
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
本帖最后由 MNOPS 于 2018-1-20 12:41 编辑
84# Yungsiyebu
    那鬼门古人是如何影响现代华南人群的? 难道他们身上高比例的通古斯成分在华南人群中高频? 那你可要好好测一下湖南福建人身上的通古斯AIM吖,哈哈哈
imvivi001 发表于 2018-1-20 11:20
通过华北的北方汉人一波波南下影响华南的,也有更早的青铜时期北方人群南下的影响
在我看来C2南支就明显代表了北方人群南下对南方的影响
探究人类学真相,为南方民族发声
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-20 14:21 编辑
86# Yungsiyebu
   好笑,到底是谁在选择性出示证据,请看清楚:

55413
imvivi001 发表于 2018-1-20 12:08
如果你不选择,你敢把peak值所在的东亚样本,其在K值更低时的结果拿出来吗?如果你用我做的图,是不是还能得出一个100%的华东汉族成分?

为什么说,东亚类型pop事实上并不存在?这就好像紫色可以清晰地从蓝色红色中区分出来,但并不能改变紫色由红蓝混合而成的事实。


admixture是要从低值到高值看的,你所谓的东亚成分,这些peak值的样本,在k值更低时,是西伯利亚和马来两种成分的混合,根本不存在所谓东亚成分,你看一下fst也非常清楚,所谓的东亚pop基本上介于西伯利亚组和马来组之间,且偏向后者。另外,即使北到贝加尔湖的图瓦、布里亚特,相对西伯利亚极北方的雅库特相比,还是更偏向华东汉族,这也不是说这种共享成分就华东起源了,而是很好的说明了,蒙古人种内部多态性由北向南递减。按一般的奠基人效应理论,即支持蒙古人种从北向南迁徙,多态性逐级递减。



当K值拉大,即使如乌兹别克这种典型的中亚两河类型混血种系,也可以出现100%的pop成分,这不是说,他们就纯血统了。

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89# Yungsiyebu
   你的ADM运算结果参考价值不大,因为:1、居然一个族群中会出现一个完全不同的个体(我是说完全不同),说明你的data missing做的是多么的糟糕;2、你至今显然还没有明白ADM测算的精髓,在低K值的少数几个pop数量的情况下,这种看peak值是经常张冠李戴的,如果你扩大pop范围,你就会发现你之前贴的标签是多么的可笑与一钱不值~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
89# Yungsiyebu
   当然,对于阁下以一民科身份勇于探索新技术,这种精神是值得鼓励的,我在你那个帖子给你加分,仅是此意而已~
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本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-20 14:25 编辑
89# Yungsiyebu
   你的ADM运算结果参考价值不大,因为:1、居然一个族群中会出现一个完全不同的个体(我是说完全不同),说明你的data missing做的是多么的糟糕;2、你至今显然还没有明白ADM测算的精髓,在低K值 ...
imvivi001 发表于 2018-1-20 14:21
让你学学admixture,说了半年了吧?会了吗?如果你学会了就知道所谓的missing data,admixture是默认剔除的。

为什么会有很多少民样本明显不同,很显然,是近代混血的结果。

另外,你也不用躲,你敢把那些peak在东亚的样本,拿出他们K值更低时的结果?
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92# Yungsiyebu
    现在犯困,你这么有兴趣,回头再花点时间具体指出你的认识盲区之所在
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
89# Yungsiyebu
   当然,对于阁下以一民科身份勇于探索新技术,这种精神是值得鼓励的,我在你那个帖子给你加分,仅是此意而已~
imvivi001 发表于 2018-1-20 14:23
别扯没用的,就好像你专业搞生信的一样,先学会基本工具。另外,在科学面前没有专业不专业之分,一种结果可信不可信,你就是变成猴子,手把手重复一遍,得出一样的结果,才是可重复的可信的,否则,谁做也是不可重复的错误结论。
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92# Yungsiyebu
    现在犯困,你这么有兴趣,回头再花点时间具体指出你的认识盲区之所在
imvivi001 发表于 2018-1-20 14:26
别躲,别打太极,把K值更低时的结果拿给大家看,如果文献没做,我可以教你怎么自己跑数据。
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95# Yungsiyebu
    小云同学精神头真好,佩服佩服,呵呵
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
别躲,别打太极,把K值更低时的结果拿给大家看,如果文献没做,我可以教你怎么自己跑数据。
Yungsiyebu 发表于 2018-1-20 14:29
早已经发过,阁下长眼不看怪谁呢~


物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
现在看看小云同学发的错在哪里。
     首先我们知道,现在外边通用的ADM分析软件都带有missing data清除功能,照道理不应该出现小云同学这些天做的一大堆ADM图谱中,‘一群地球人’当中忽然蹦出一个‘外星人’的奇观来,可是这个偏偏在小云同学发布的色谱图中一而再再二三地频频闪现,为什么?

      likelihood原因分析:1,软件本身的问题,可能性不大,除非小云同学使用的是盗版就不好说了;2、数据源问题,这个可能性极大。因为小云同学这次使用的是HGDP的数据,这个数据库的数据目前来看已经严重过时了,一是因为数据量明显不够(全球总共才52个族群,而且每个族群只有寥寥的20来个样本,这个缺陷前几天本坛大昊坛友已经指出了)。不但如此,HGDP的novel更新特别慢,导致它的精确度明显不够,即便是小云声称的65万个snp也是空话(谁知道有多少无效snp),比如会发生如下误读事件频频发生:
missing sequence-Reich-2013.png
2018-1-20 18:42



这种数据质量,即便是采用最新版的ADM软件也是无法解决的。如果真的要进行ADM分析,专业团队一般会选取如下panel的数据:Human Origins array或1KGP(人家单傣族就102个样品,远高于HGDP)。

      另外,新版的ADM软件都带有MAF过滤器,对MAF不高的alleles会自动过滤,这样来自HGDP的alleles被过滤掉的比例就会很高,于是一个染色体片段上本来是两种或更多成分的,最后变成一种成分了,在低K值情况下尤其如此,就像小云发布的图谱中所显示的。
    一般情况下,专业团队对出现这种“‘一群地球人’当中忽然蹦出一个‘外星人’的奇观数据”会再次做missing data处理,或者暂时剔除,可是刚入门者因为不懂统计学原理,就会‘见怪不怪’,堂而皇之地把它作为正常现象公布出来,犹如穿一件背后漏了一个大洞的新衣服却浑然不知,竟然就这样出去逛街一样,也是蛮有趣的。


     还有一个很重要方面需要提醒那些不懂ADM原理却容易被小云迷惑的入门者。因为ADM原理上是对所接收的样品自动根据K值按照Fst差值分类,这样,如果一次选择的族群数目比较少,就会把某一种成分自动分配给其中的一个族群,于是显得某一个族群的成分出现peak,其实这是一种‘假象’。如果加大族群数目,就会发现这个peak其实是在其他族群的,所以我批评小云之前贴的标签一钱不值就是这个原因


    最后再提醒一下小云同学,就像你之前所说,哪怕是一个猴子,也能够不需要花很大力气就学会敲一敲键盘就可以跑一次ADMIXTURE,可能是的(没做过实验不知道是不是这样,呵呵),但是猴子如果真的敲出来结果,未必它自己能够看得懂,这就是猴子与人的区别。 没别的意思,只是按照你的原话稍微延伸一下,若有冒犯俺收回这句话。
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
我用你的对比,再加上一些被你刻意给摘出去的内蒙古和西北样本,就一目了然了。
内蒙古中南部典型古华北类型,你一个没敢加,而找了在内蒙古东南部受土著明显影响的大甸子组。而西北样本中,你精选了阳山和柳湾两个 ...
Yungsiyebu 发表于 2018-1-19 18:56
“阳山和柳湾两个最偏向北亚的西北组”这句话暴露了小Y不会看聚类图。



阳山和柳湾完全和北亚组不一样,从聚类图上看,两者距离很远,是小Y误以为排列顺序靠近北亚组就是代表两者接近,小Y连聚类图基本的常识都没有。



去年一个帖子里,小Y不会看欧式距离,认为不相关矩阵中数字大的两者接近,被我嘲笑后不愿意再提及,这次又被我抓到了这家伙不会看聚类图。



减少给隔壁老王认为筛选样本的机会,我将目前汇总的所有文献报道过的古西北、古华北类型(红色方框),与新石器时代古中原类型(黄色五星)和青铜时代古中原类型(黑色菱形)进行比对,并加入汉族现代对比组(绿色圆 ...
Yungsiyebu 发表于 2018-1-19 20:43
Y根本不会看聚类图和欧式距离,我一条条的正确解释:



1、这些人群中,聚类关系最亲密的是殷墟中小②组、瓦窑沟组、碾子坡先周组、大甸子①组这四个,这些是欧式距离最近的,说明他们是一个类型的人群,这一人群显然是商代前后的中原人群核心。(大甸子①组人群是中原二里头人群向东北征服土著后形成,应该没有问题)
2、值得注意的是碾子坡先周,这一组接近殷墟中小②,先周文化中的东方成分不可忽视。
3、从聚类上看,庙底沟二期与大甸子②组最接近,而不是小Y说的古华北。庙底沟二期与后期的中原人群有差距,但和西北人群的距离比,显然更接近中原人群。
4、陶寺早期和碾子坡西周也比较近,说明两者人群接近,大类型上属于中原人群,但与殷墟人群有差距。
5、阳山和柳湾是古西北人群,他们是孤立的,和其他中原人群都很远,和北亚人群也很远(不是聚类图上的排列数据接近北亚,就代表接近北亚,小Y不会看聚类图还瞎解释)。
6、殷墟中小③组和新店子组,已经是具有了部分北亚人群特征,和中原人群距离最远。

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