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齐家磨沟F5样本分型:来自HGDP01225的信息

本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-12-9 21:18 编辑

吉大两篇有测序数据的文献都无一例外的未公布测序数据,也是行业内罕见的举措。不知道是不是数据属于国家机密不能公开?

兴好研究者使用Beast工具用通用贝叶斯算法做了一棵树,结果表明齐家F5样本最近HGDP01225蒙古族F5样本。虽然Beast对于跑只有一两个甚至几个共享marker的样本做树的精度非常有限,但通常的经验,聚类关系是不太容易错,这样,HGDP01225蒙古族F5样本很可能是齐家F5样本最近的亲本。

这样,让我们看一下该样本的分型。刚刚从数据库把原始Bam文件下载,并用samtools工具跑出了一个sorted过的txt文档,不会直接看Bam数据的朋友,可以直接用ue等大文件读取工具查阅该样本信息。

链接: https://pan.baidu.com/s/1kU7asYF 密码: iv7k

分型还没做。先分享数据。

动辄数据作假辩友,请无视本人提供的该样本数据,避免没必要的争议。官方数据下载链接如下:

HGDP样本:Human paternal and maternal demographic histories: insights from high-resolution Y chromosome and mtDNA sequences https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB4417


这个古羌人样本到底是今天藏缅第一大簇cts1642,还是别的什么,拭目以待。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
吉大论文中引用的HGDP样本做的树形是错误的,所以不太清楚磨沟那个样本到底是M117下哪个支系的。论文的作者我也没有联系到,不太清楚Jiawei Li对应的汉字名字是什么,也没找到邮箱。
吉大论文中引用的HGDP样本做的树形是错误的,所以不太清楚磨沟那个样本到底是M117下哪个支系的。论文的作者我也没有联系到,不太清楚Jiawei Li对应的汉字名字是什么,也没找到邮箱。
风虎云龙 发表于 2017-12-9 21:49
beast做树肯定价值有限,但做聚类,我觉得还是问题不大的,除非F5下,真的跟所有hgdp样本都没有几个共有的snp。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
不过,吉大没有给原始数据的习惯,自己的分析能力,坦诚的讲,还不如很多业务爱好者,的确很尴尬。
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2# 风虎云龙 李佳伟
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