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根据K=4 Q文件结果,R制图。民族辨识效果应当比较理想。最后一列为畲族,没有保存上。
Yungsiyebu 发表于 2018-1-7 00:13
能简单介绍一下这几种颜色分别对应的是什么成分吗?
探究人类学真相,为南方民族发声
根据K=4 Q文件结果,R制图。民族辨识效果应当比较理想。最后一列为畲族,没有保存上。

Yungsiyebu 发表于 2018-1-7 00:13
小云老师不辞辛苦,精神可嘉,先赞一下。

不过对于仅有四个族群就选取K=4, 则很难看出真正的区别,因为会逼迫算法必然把差别细微的两种成分硬性分成两种外表是截然不同的成分,这个对初学者来说容易出现误导性。
我的建议,把中国的族群数目加大到至少10个,然后把K=3~7的色谱图打出来,这样会有比较好的说明效果。
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
小云老师不辞辛苦,精神可嘉,先赞一下。

不过对于仅有四个族群就选取K=4, 则很难看出真正的区别,因为会逼迫算法必然把差别细微的两种成分硬性分成两种外表是截然不同的成分,这个对初学者来说容易出现误导性 ...
imvivi001 发表于 2018-1-7 08:48
所以,让你学工具,就是避免这种不贴板的话。

K值每增大一个值,都将成倍增加运算负担。如果你考察的就是苗汉关系,减少不必要的reference样本,可以在k值非常低的情况下就获取到非常深的运算结果。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-7 09:55 编辑
能简单介绍一下这几种颜色分别对应的是什么成分吗?
MNOPS 发表于 2018-1-7 01:04
看peak在什么民族,比如最后一列绿色的成分,peak在畲族,可以理解为一种类畲族始祖成分。类似的,紫色的南汉,红色的在苗,浅蓝在北汉。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
所以,让你学工具,就是避免这种不贴板的话。

K值每增大一个值,都将成倍增加运算负担。如果你考察的就是苗汉关系,减少不必要的reference样本,可以在k值非常低的情况下就获取到非常深的运算结果。
Yungsiyebu 发表于 2018-1-7 09:43
看来你还是不懂ADMIXTURE的精髓。我的原话很明确:仅有四个族群就选取K=4, 则很难看出真正的区别,因为会逼迫算法必然把差别细微的两种成分硬性分成两种外表是截然不同的成分,这个对初学者来说容易出现误导性。
换言之,这种仅有四个族群就取K=4,必然会带来四种不同的成分。就好象我前面所说的,如果是两个亲堂兄弟(父亲亲本与母亲亲本皆为亲兄弟姐妹),在足够深度的情况下,如果取K=2,也会出现两种截然不同的成分,甚至两个亲兄弟姐妹也会如此,但是这个有意义吗?
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K值每增大一个值,都将成倍增加运算负担。...
Yungsiyebu 发表于 2018-1-7 09:43
废话,这个道理谁都明白,所以玩ADMIXTURE不是随便一个吊丝拿一台普通电脑都可以玩的~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
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