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古埃及王室两兄弟Y染色体分型:A1a和?

本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-24 00:33 编辑



文献:The kinship of two 12th Dynasty mummies revealed by ancient DNA sequencing

数据:http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB20294

因为Y染色体的捕获效果不佳,文献应当没有对样本进行分型,而只是判断两兄弟是否同父。

刚刚下载了NAII的y-bam。分析方法:ref:Hg19,samtools导出chrY的txt文档,awk提取1000G的6万+变异位点,1000G chrY.vcf数据进行比对找到最接近的样本,然后再通过yfull的突变表进行yhaplotype分型。

NAII_Single_Y_capture_hg19mapped_chrY.bam,只有197.5K,确实很少。1000G的6万+位点中,有25个位点存在突变,与样本匹配,如下三个样本与NAII有9个共享突变。三者均为A1a。

A1a-Y32411HG02613
A1a-Y7944HG02645
A1a-Y7944HG02666


以yfull突变列表尝试分型。结果,25个突变点,有2个在列表的marker中,均定义A1a。


SNP-IDHGBuild37ANCDERYTreeSource
Y8194A1a21490252CAA1aYFull
(2014)
Y11224A1a9138571CTA1aYFull
(2014)


A1a-M31,非常典型的黑非洲类型,散见北非。
A-M31The subclade A1a (M31) has been found in approximately 2.8% (8/282) of a pool of seven samples of various ethnic groups in Guinea-Bissau, especially among the Papel-Manjaco-Mancanha (5/64 = 7.8%).[14] In an earlier study published in 2003, Gonçalves et al. have reported finding A1a-M31 in 5.1% (14/276) of a sample from Guinea-Bissau and in 0.5% (1/201) of a pair of samples from Cabo Verde.[35] The authors of another study have reported finding haplogroup A1a-M31 in 5% (2/39) of a sample of Mandinka from Senegambia and 2% (1/55) of a sample of Dogon from Mali.[15] Haplogroup A1a-M31 also has been found in 3% (2/64) of a sample of Berbers from Morocco[19] and 2.3% (1/44) of a sample of unspecified ethnic affiliation from Mali.[18]
In 2007, seven men from Yorkshire, England sharing the unusual surname Revis were identified as being from the A1a (M31) subclade. It was discovered that these men had a common male-line ancestor from the 18th century, but no previous information about African ancestry was known.
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新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
不清楚早王朝时期埃及法老的血统来源,不知道他们来自近东还是本土。

不过上下埃及的首领父系应该是同源的,但上埃及有更多的努比亚血统,下埃及则有利比亚和近东血统。
很有意思,看来古埃及王朝是风水轮流转,明日到谁家,呵呵




其实最早关于“白人”的定义来自古埃及,种族主义倾向比较严重的古埃及人把他们所看到的人类分为四等:第一等当然是尊贵的埃及人(他们称之为 RETH,有时候埃及人也自称为KMT,意即黑人),第二等则是他们的东部邻居(他们称之为AAMU,原义可能是来自沙漠的人,涵括喜克索斯人、迦南人、地中海东岸民族...
imvivi001 发表于 2015-8-23 08:07
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
第二个样本KN很可惜,捕获到的数据太小了,KNIII-Double_Y_capture_hg19_chrY.bam只有11.4K,另一个KN_shotgun_hg19mapped_chrY.bam只有1.5K,比索引文件都小很多。samtools导出的txt文档,用awk分别提取1000G的6万加变异位点,分别得到的位点信息如下,.,分别表示正链和反链匹配,也就是没有突变。很遗憾,一个突变位点没有覆盖到。

KN_shotgun_hg19mapped_chrY.bam
chrY        14232866        c        1        ,        /
chrY        14232872        c        1        ,$        0
chrY        23381382        t        1        .        2

KNIII-Double_Y_capture_hg19_chrY.bam
chrY        2722751        C        3        ...        ;;;
chrY        6876645        A        1        ,        3
chrY        7563503        A        1        ,        ;
chrY        8116696        C        1        ,        =
chrY        8455269        C        2        ..        99
chrY        8466322        T        1        .        6
chrY        8477342        T        1        .        :
chrY        8540892        T        1        ^F.        2
chrY        8540917        T        3        ...        :::
chrY        8611753        G        2        ,,        ::
chrY        8656556        G        11        ,,,,,,,,,,,        85488888888
chrY        8716081        G        1        ,        ;
chrY        8768980        C        1        ,        :
chrY        14566306        g        2        ..        ::
chrY        15447643        C        5        .....        ;;;;;
chrY        16269068        G        2        ..        9:
chrY        16560227        T        4        ....        8888
chrY        17184658        C        1        ,        3
chrY        19437350        a        5        .....        84898
chrY        19437929        g        2        ,,        88
chrY        19440922        A        1        .        6
chrY        19440932        T        1        .        :
chrY        22584631        G        1        .        :
chrY        22625398        G        5        ,,,,,        ;;;;;
chrY        22625402        C        5        ,,,,,        <<<<<
chrY        22625417        T        5        ,,,,,        74776
chrY        22894819        G        3        ,,,        <<<


以上述位点与yfull的位点库匹配,可以匹配到K和J的两个下游,也就是说不属于这两个小群。只能判断到这里。

SNP-ID        HG        Build37        ANC        DER        YTree        Source
Y29255        K-Y28299        8716081        G        A        K-Y28299        YFull (2016)
Y22520                                8540917        T        C        J-Y22037        YFull (2016)
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