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7700年前俄远东滨海Devil’s Gate低覆盖度样本尝试Y染色体分型

本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-25 16:10 编辑

文献:Genome-wide data from two early Neolithic East Asian individuals dating to 7700 years ago
数据:http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB14817

该报告中,Mos4和Mos5,Coverage分别是0.075x和0.0333x,文献做了分析讨论,但很可惜,两例样本均为女性。

另外,文献还测试了3例其他样本,Coverage分别为0.0001x,0.0002x和0.0006x,太低,文献没有分析讨论。但作者分享了Bam文件,这样,可以尝试碰碰运气,看看ydna上面有没有碰巧覆盖到有价值的position。

首先尝试0.0006x的Mos3样本,Bamtools按染色体切割Bam后,根据x和y两个染色体通常的大小经验,推测是男性。【注:怎么通过特意位点判断男女,我还真没特别注意过,很少碰到这种情况】,所以,暂且认为是男性分析ybam。

得到的Bam文件只有5.1K,非常小。samtools提取全部覆盖到的position的txt文档,然后,awk提取1000G上的变异位点。结果获取到的position,只有一个位点有突变。

chrY        19525421        c        1        T        ]


19525421c->t,并没有在yfull的marker列表中。我将1000G样本携带19525421c->t的样本列表如下:

HG00628        CHS        Southern Han Chinese (CHS)
HG02141        KHV        Kinh Vietnamese (KHV)
HG02373        CDX        Dai Chinese (CDX)
HG03228        PJL        Punjabi (PJL)
HG03593        BEB        
HG03850        STU        
HG03867        ITU        
HG03917        BEB        
HG04155        BEB        
NA18612        CHB        Han Chinese - 1 (CHB)
NA18620        CHB        Han Chinese - 1 (CHB)
NA18749        CHB        Han Chinese - 2 (CHB)
NA18971        JPT        Japanese - 1 (JPT)
NA18974        JPT        Japanese - 1 (JPT)
NA18989        JPT        Japanese - Additional (JPT)
NA19006        JPT        Japanese - 2 (JPT)
NA19079        JPT        Japanese - 2 (JPT)
NA19091        JPT        Japanese - 2 (JPT)
NA20889        GIH        Gujarati (GIH)
NA20911        GIH        Gujarati (GIH)
NA21091        GIH        Gujarati (GIH)
NA21094        GIH        Gujarati (GIH)
NA21100        GIH        Gujarati (GIH)
NA21117        GIH        Gujarati (GIH)
NA21118        GIH        Gujarati (GIH)
NA21119        GIH        Gujarati (GIH)
NA21123        GIH        Gujarati (GIH)
NA21124        GIH        Gujarati (GIH)
NA21127        GIH        Gujarati (GIH)
NA21133        GIH        Gujarati (GIH)

我目前核实的样本中,全部为C-M130型,包括东方和印度样本。

HG02373        CDX        C4
NA18612        CHB        C3
NA18620        CHB        C3
NA18749        CHB        C4
HG00628        CHS        C3
NA20889        GIH        C4
NA20911        GIH        C5
NA21091        GIH        C5
NA21094        GIH        C4
NA21100        GIH        C5
NA21117        GIH        C4
NA21118        GIH        C4
NA21119        GIH        C4
NA21123        GIH        C4
NA21124        GIH        C5
NA21127        GIH        C4
NA21133        GIH        C4
NA18971        JPT        C1
NA18974        JPT        C1
NA18989        JPT        C1
NA19006        JPT        C1
NA19079        JPT        C3
NA19091        JPT        C3d
HG02141        KHV        C4

接下来看看覆盖到,但没有突变的位点信息。通过与yfull的marker列表比对,结果如下:也就是不属于E-M75,J-M47等亚群。

chrY        7583209        A        1        .        ]
chrY        8242219        g        1        .        ]
chrY        9845014        T        1        .        ]
chrY        14109257        T        1        .        Z
chrY        14200713        c        1        .        ]
chrY        14200726        c        1        .        ]
chrY        14229283        a        1        ,        ]
chrY        14981750        t        1        .        ]
chrY        15433061        g        1        ,        ]
chrY        15802681        C        1        .        ]
chrY        16228617        G        1        .        ]
chrY        16327070        A        1        .        ]
chrY        16439450        c        1        ,        ]
chrY        16439451        g        1        ,        ]
chrY        16439456        g        1        ,        ]
chrY        16833690        G        1        ,        ]
chrY        17040123        C        1        .        ]
chrY        17179151        a        1        .        ]
chrY        17179160        c        1        .        ]
chrY        17647680        g        1        .        ]
chrY        18219875        A        1        ,        ]
chrY        18219916        a        1        ,        ]
chrY        18240051        g        1        .        ]
chrY        18799952        t        1        .        ]
chrY        19112101        c        1        .        ]
chrY        19112102        g        1        .        ]
chrY        21201452        c        1        ,        >
chrY        21413767        a        1        ,        ]
chrY        21494506        g        1        .        ]
chrY        21494515        c        1        .        ]
chrY        21494539        c        1        .        ]
chrY        21494625        a        1        .        ]
chrY        21523030        g        1        ,        ]
chrY        21992731        t        1        ,        ]
chrY        23436236        g        1        ,        ]


Y27981                21523030        G        T        R-Y1331        YFull (2016)
Y19836        R1a        7583209        A        G        R-Y19762        YFull (2016)
Y10613        E        21494625        A        G        E-M75        YFull (2015)
Y8514        J2        14229283        A        G        J-M47        YFull (2014)
Y7703        J2        17647680        G        A        J-M47        YFull (2014)
Y7783        R1b        21494515        C        T        R-Y8451        YFull (2014)
Y1238        Q        19112101        C        T        Q-Y1150        YFull (2013)

这样,即使把握度非常低,但相对其他单倍体型,Mos3样本还是最有可能属于C-M130

Mos2和Mos6的Bam文件,经bamtools切割后,得到的YBam分别为900+和800+字节,不到1K。同样的方法,samtool导出txt,然后比对1000G的6万+个变异位点。

其中,Mos2没有覆盖到任何一个1000G变异位点。

Mos6覆盖到一个1000G变异位点,但也没有突变。

chrY        22021564        t        1        ,        ]

这个位点是HG02895携带的一个私有突变,所有也就没有参考价值的点。
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如果是C2南支的话那就有意思了
探究人类学真相,为南方民族发声
如果是C2南支的话那就有意思了
MNOPS 发表于 2018-1-25 02:40
很多人怀有草原梦,包括广场舞大妈们,也都唱着草原哥哥妹妹的,很多人幻想自己的祖先来自草原很正常,但不切实际。
但事实是,欧亚青铜游牧人群,在春秋中期以前,从来没有进入过长城附近200公里的范围内。倒是内地的彩陶灰陶,从新疆到贝加尔湖,都能找到发现,当时的人口是从南向北迁徙应该是大概率事件。
本帖最后由 MNOPS 于 2018-1-25 09:53 编辑
很多人怀有草原梦,包括广场舞大妈们,也都唱着草原哥哥妹妹的,很多人幻想自己的祖先来自草原很正常,但不切实际。
但事实是,欧亚青铜游牧人群,在春秋中期以前,从来没有进入过长城附近200公里的范围内。倒是内 ...
隔壁老王 发表于 2018-1-25 09:38
商周在我看来就是东亚北部和西北边缘人群在吸收了草原青铜文化之后向东亚腹地的大扩张。但这种扩张实际上从新石器晚期的老虎山对陶寺的取代就已经开始了。这几千年来人群从北向南迁是主流。北亚类型压迫戎狄汉藏,戎狄汉藏进入中原,原先的古中原向长江流域迁徙,而原先的长江流域和长江以南人群向更南的东南亚迁徙。
C2南支在我看来就是青铜时期从北向南扩张比较成功的一支。如果这个俄远东滨海父系能最终被证明为C2南支的话,那将会对我的理论有极大的支持。
探究人类学真相,为南方民族发声
第二个华夏来自古埃及大师即将诞生,灰常期待,呵呵
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
商周在我看来就是东亚北部和西北边缘人群在吸收了草原青铜文化之后向东亚腹地的大扩张。但这种扩张实际上从新石器晚期的老虎山对陶寺的取代就已经开始了。这几千年来人群从北向南迁是主流。北亚类型压迫戎狄汉藏, ...
MNOPS 发表于 2018-1-25 09:48
你就是个精神通古斯,天天意淫不累吗?
骂吧,你们骂得越来劲就越能说明你们内心的阴暗
探究人类学真相,为南方民族发声
第二个华夏来自古埃及大师即将诞生,灰常期待,呵呵
imvivi001 发表于 2018-1-25 10:22
此人的意思大概是华夏来源于通古斯吧
如果是C2南支的话那就有意思了
MNOPS 发表于 2018-1-25 02:40
我觉得那个时候C2南应该不在哪里了,至少F845估计都进中原了。我个人的看法,如果找了一圈都没有的话,朝鲜北部的山区和沿海不能排除
我觉得那个时候C2南应该不在哪里了,至少F845估计都进中原了。我个人的看法,如果找了一圈都没有的话,朝鲜北部的山区和沿海不能排除
大凌河 发表于 2018-1-25 10:39
这个鬼门洞离朝鲜北部并不远,就在俄罗斯与朝鲜交界的地方。我的看法是C2南就起源于东北南部或华北北部。
探究人类学真相,为南方民族发声
商周在我看来就是东亚北部和西北边缘人群在吸收了草原青铜文化之后向东亚腹地的大扩张。但这种扩张实际上从新石器晚期的老虎山对陶寺的取代就已经开始了。这几千年来人群从北向南迁是主流。北亚类型压迫戎狄汉藏, ...
MNOPS 发表于 2018-1-25 09:48
如果鬼门洞人群是C的话,是F1067的可能非常低,同一地区的博伊斯曼人群的时代与之接近,已经确定父系是C2北支下游的支系,这一地区人群从新时期时代以来在常染遗传是较为稳定的。从遗传和文化上也看不到对更南方地区有明显的影响。
C-M130交流群:542136235
这个鬼门洞离朝鲜北部并不远,就在俄罗斯与朝鲜交界的地方。我的看法是C2南就起源于东北南部或华北北部。
MNOPS 发表于 2018-1-25 10:47
俄罗斯与朝鲜交界的地方,最后来一句C2南就起源于东北南部或华北北部。用尺子量了一下,从鬼门洞到山海关将近1000公里,差不多是山海关到上海的直线距离,真会说笑话
商周在我看来就是东亚北部和西北边缘人群在吸收了草原青铜文化之后向东亚腹地的大扩张。但这种扩张实际上从新石器晚期的老虎山对陶寺的取代就已经开始了。这几千年来人群从北向南迁是主流。北亚类型压迫戎狄汉藏, ...
MNOPS 发表于 2018-1-25 09:48
从二里头(一般认为是夏)起,周边就已经打不过中原了。内蒙中部最辉煌的时期也就是4200-4000年之间,但也仅仅南下了山西而已,山西能代表整个中国吗?对南边遗址密布的河南龙山的王湾类型和煤山类型都无能为力,取代一说完全不可信。老虎山-朱开沟没有你说的这么强,先是被齐家侵入,后来被商人侵入,北狄只在小Y的嘴里变的很强大,实际并没有多强。


商代也要区分二里岗(早商)和殷墟(晚商),二里岗时期是没有北亚人骨的(殷墟中小③组),只有中原类型人骨,而二里岗时期是商人对外扩张最厉害的时期,南部直到江西,北面内蒙的朱开沟五期,都是被商人征服了的,朱开沟五期里最高等级的墓葬都是中原类型人骨+商式武器的组合,部分有腰坑,典型的商族特征,是商人向北征服,而不是北人向南。殷墟时期才有了北亚人骨,但武力明显弱化了。


周就更明显的不对的,周带有明显的华南特征,其低眶的特征,在碾子坡和瓦窑沟都是一贯的,所以我才觉得,周王是O1a-F492不是没有可能,周如果不和羌戎联姻,恐怕南方成分只会更多。
本帖最后由 baiyueren 于 2018-1-25 11:46 编辑

鬼门洞人应该最接近今天的远东滨海人群(乌尔奇、乌德盖人)吧?滨海人群是大陆北方少数几个mt-M7b/c高发的族群。而M7极有可能就是Y-C的原配。从M7属于M的南方支系来看,对应C3南的可能性大于C3北的可能性。
NRY: O2a1c1a1a1a1a1a1a1a1(源自粤西云浮)
mtDNA:B4d1(源自浙北慈溪)
百越人的人类学文集 http://blog.sina.com.cn/baiyueren
俄罗斯与朝鲜交界的地方,最后来一句C2南就起源于东北南部或华北北部。用尺子量了一下,从鬼门洞到山海关将近1000公里,差不多是山海关到上海的直线距离,真会说笑话
Lep1dus 发表于 2018-1-25 11:20
我的意思是东北南部华北北部及其周边地域都有可能是C2南支的起源地,而不是只局限在山海关一个点
探究人类学真相,为南方民族发声
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-25 11:44 编辑

从二里头(一般认为是夏)起,周边就已经打不过中原了。内蒙中部最辉煌的时期也就是4200-4000年之间,但也仅仅南下了山西而已,山西能代表整个中国吗?对南边遗址密布的河南龙山的王湾类型和煤山类型都无能为 ...
隔壁老王 发表于 2018-1-25 11:23
你想着,古华北类型北狄系统种系数据录入的问题,别躲。

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评分次数

新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
鬼门洞人应该最接近今天的远东滨海人群(乌尔奇、乌德盖人)吧?滨海人群是大陆北方少数几个mt-M7b/c高发的族群。而M7极有可能就是Y-C的原配。
baiyueren 发表于 2018-1-25 11:40
又见原配论,十多年前的东西又被拿出来说了。M和N的年纪都是在六七万年左右,都是出非洲人群携带的母系,N并不比M年轻,也并不见得是新亚洲。

再者说,按照你的父系母系跟人种有完全对应的说法,远东滨海应该是澳大利亚人种才对啊,为什么是典型蒙古人种呢?
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鬼门洞人应该最接近今天的远东滨海人群(乌尔奇、乌德盖人)吧?滨海人群是大陆北方少数几个mt-M7b/c高发的族群。而M7极有可能就是Y-C的原配。从M7属于M的南方支系来看,对应C3南的可能性大于C3北的可能性。
baiyueren 发表于 2018-1-25 11:40
看数据,避免胡说。
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又见原配论,十多年前的东西又被拿出来说了。M和N的年纪都是在六七万年左右,都是出非洲人群携带的母系,N并不比M年轻,也并不见得是新亚洲。
再者说,按照你的父系母系跟人种有完全对应的说法,远东滨海应该是 ...
MNOPS 发表于 2018-1-25 11:45
携带M7c的陶寺人骨不是被划分为古中原型了吗?当然这种“古中原”复合体跟山西横北村的古中原复合体不是一码事。
就好比都是东亚人种,日本人跟中原人就不是一码事。所以南方黄汉千万别激动吐血~~
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18# Yungsiyebu
对了,刚想起来,日本有mt-M7a/b,但是日本人只有Y-C1分支,没有C2北。
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