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基因组水平:布里亚特与中亚-西伯利亚突厥人的结构分析

本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-13 11:28 编辑

基因组水平探讨布里亚特与中亚-西伯利亚突厥人的结构分析,删除不相关人群,加入乌克兰和华东汉族reference,以便加大运算深度,进行分析。

illumina芯片数据来自:Between Lake Baikal and the Baltic Sea: genomic history of the gateway to Europe.

K=3时,绿色pop1 peak在乌克兰,红色Pop0在华东汉,蓝色Pop2在雅库特。中亚突厥和布里亚特与图瓦人,类华东汉的比例都要明显多于类雅库特。

Fst值如下,粗略估算,如果乌克兰和华东汉始祖成分分离年代在4万年的话,华东汉与雅库特的距离大约在1.5万年上下。这要假设二者分离后,没有混血,否则实际的距离可能更大。

Fst        divergences        between        estimated        populations:
        Pop0-chinese        Pop1-Ukrainian               
Pop0-chinese                                
Pop1-Ukrainian        0.102                        
Pop2-Yakut        0.039        0.103
K=3 Mongol-Turk.png
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
...Fst值如下,粗略估算,如果乌克兰和华东汉始祖成分分离年代在4万年的话,华东汉与雅库特的距离大约在1.5万年上下。这要假设二者分离后,没有混血,否则实际的距离可能更大。

Fst        divergences        between        estimated        populations:
        Pop0-chinese        Pop1-Ukrainian               
Pop0-chinese                                
Pop1-Ukrainian        0.102                        
Pop2-Yakut        0.039        0.103
Yungsiyebu 发表于 2018-1-13 00:11
看你这个图表,似乎雅库特距离乌克兰更远,这个似乎不太合情理。

另外,单独看K=3的结果我觉得参考性很有限,最好同时列出其他K值结果做比较。ADMIXTURE最大的好处就是可以直观看到演化轨迹,尤其是在有aDNA数据做参考时~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
看你这个图表,似乎雅库特距离乌克兰更远,这个似乎不太合情理。

另外,单独看K=3的结果我觉得参考性很有限,最好同时列出其他K值结果做比较。ADMIXTURE最大的好处就是可以直观看到演化轨迹,尤其是在有aDNA数 ...
imvivi001 发表于 2018-1-13 08:30
0.102和0.103可以基本认为是一样的遗传距离。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
看你这个图表,似乎雅库特距离乌克兰更远,这个似乎不太合情理。

另外,单独看K=3的结果我觉得参考性很有限,最好同时列出其他K值结果做比较。ADMIXTURE最大的好处就是可以直观看到演化轨迹,尤其是在有aDNA数 ...
imvivi001 发表于 2018-1-13 08:30
雅库特成分和雅库特常染还是有区别的,因为雅库特成分并不是在所有雅库特人里100%的比例。
可以看到雅库特人有些个体带有小段绿色的乌克兰成分,而不是100%的雅库特成分(蓝色)
纯粹的雅库特成分,应该是一种西伯利亚东北部土著成分,偏北但不偏西
雅库特成分和雅库特常染还是有区别的,因为雅库特成分并不是在所有雅库特人里100%的比例。
可以看到雅库特人有些个体带有小段绿色的乌克兰成分,而不是100%的雅库特成分(蓝色)
纯粹的雅库特成分,应该是一种西 ...
大昊 发表于 2018-1-13 11:09
这个要看相对值,如果加入大量日本、朝鲜等相对纯粹的东方样本,预计雅库特也普遍会有印欧混血信号。
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从1楼的分析来看,纯粹的雅库特成分偏东程度应该是和华东汉成分差不多的。
雅库特和华东汉的差异主要是南北距离,二者和乌克兰成分的差异是东西方之间的距离(且距离值比前者大的多)。

可能在其他一些常染分析里,中亚一些民族(如哈萨克吉尔吉斯)有类似雅库特或西伯利亚成分,而绝少东亚成分。
这种情况,说明不了雅库特成分会比东亚成分偏西,而只能说明晚近向西发展的东亚欧成分是偏北的子类型罢了。
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-13 11:31 编辑

类布里亚特始祖成分

K=4时,布里亚特peak的始祖成分出现,值得注意的是,临近的图瓦样本,主成分还是在华东汉族peak的始祖成分,布里亚特peak成分相对低很多,比类雅库特成分还要低。中亚的情况类似,类华东汉族peak始祖成分最高,然后是类雅库特和类布里亚特,二者比例相近。

Fst值如下:新出现的类布里亚特成分,与华东汉和雅库特的具体相当,均为0.036。

                                                                                       
Fstdivergencesbetweenestimatedpopulations:

pop0-Buryatpop1-chinesepop2-Ukrainianpop3-yakut
pop0-Buryat



pop1-chinese0.036


pop2-Ukrainian0.0950.111

pop3-yakut0.0360.0460.104
K=4 Mongol-Turk.png
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本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-13 11:51 编辑
可能在其他一些常染分析里,中亚一些民族(如哈萨克吉尔吉斯)有类似雅库特或西伯利亚成分,而绝少东亚成分。
这种情况,说明不了雅库特成分会比东亚成分偏西,而只能说明晚近向西发展的东亚欧成分是偏北的子类型罢了。
大昊 发表于 2018-1-13 11:23
情况与你预测的刚好相反,相对类雅库特成分,中亚、南西伯利亚主要是类华东汉族成分为主。西伯利亚和北亚地区有着极高的遗传多态性。蒙古人种内部遗传多态性,明显以西伯利亚-东亚-东南亚依次递减。
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“北吉尔吉斯”是指“哈卡斯”吧?

中亚的哈萨克-吉尔吉斯绿色的乌克兰成分很多,
而呆在西伯利亚老家的“北吉尔吉斯”,绿色的乌克兰成分很少

这说明哈萨克人和吉尔吉斯人大量西亚欧化,是在进入中亚以后的事。

“哈卡斯”人是唐代的“黠嘎斯”人的老家嫡系。
北吉尔吉斯人(哈卡斯人)身上的绿色成分,反映的是一直呆突厥老家里的原始突厥的西亚欧比例。
“哈卡斯”人是唐代的“黠嘎斯”人的老家嫡系。
北吉尔吉斯人(哈卡斯人)身上的绿色成分,反映的是一直呆突厥老家里的原始突厥的西亚欧比例。
大昊 发表于 2018-1-13 11:57
雅库特人里的情况也可以证明这一点。
雅库特是原始突厥向东北迁徙,同化当地土著的结果。
雅库特人个体里,绿色成分最多的个体和北吉尔吉斯人类似,这些雅库特个体应该就是较纯的原始突厥移民(土著成分较少的个体)。
反过来,雅库特人里没绿色乌克兰成分的(全蓝的),就是土著血统为主的雅库特人,基本没突厥成分。

蓝色的雅库特成分,本质上是一种纯粹的西伯利亚东北部土著成分。
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-13 12:08 编辑
雅库特人里的情况也可以证明这一点。
雅库特是原始突厥向东北迁徙,同化当地土著的结果。
雅库特人个体里,绿色成分最多的个体和北吉尔吉斯人类似,这些雅库特个体应该就是较纯的原始突厥移民(土著成分较少的个 ...
大昊 发表于 2018-1-13 12:03
我的看法是,青突厥,应当与图瓦类似的。北部吉尔吉斯与吉尔吉斯组,没有看出特别明显的种系差异。
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本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-13 12:20 编辑

类图瓦始祖成分。

K=5时,

图瓦peak的始祖成分(黄色)出现。这种成分在布里亚特样本很少,而普遍见于中亚突厥语族,很好的区分了西伯利亚突厥语和蒙古语族。但不管是类图瓦成分还是类布里亚特成分,均不及类华东汉族成分比例高。此组数据来自俄罗斯,没有加入草原地带对照组,这种类华东汉族成分很可能高比例体现在北亚游牧民身上。

此时,剥离出类图瓦始祖成分后,类布里亚特成分在中亚的情况就更清晰了,大体与类图瓦成分比例相当,二者均不及类华东汉族成分比例高,但通常高于类雅库特成分。

Fst值,图瓦的这种始祖成分与布里亚特遗传关系最近,0.031,然后是雅库特0.034,与华东汉族最远0.048。类布里亚特成分情况类似,与图瓦最近,雅库特次之,华东汉族最远。
                                                                                                
Fstdivergencesbetweenestimatedpopulations:

pop0-Buryatpop1-tuvaPop2-Yakutpop3-Ukrainian
pop0-Buryat



pop1-tuva0.031


Pop2-Yakut0.0370.034

pop3-Ukrainian0.0950.0880.105
pop4-chinese0.0470.0480.0530.121
K=5 Mongol-Turk.png
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类布里亚特始祖成分
K=4时,布里亚特peak的始祖成分出现,值得注意的是,临近的图瓦样本,主成分还是在华东汉族peak的始祖成分,布里亚特peak成分相对低很多,比类雅库特成分还要低。中亚的情况类似,类华东汉族peak始祖成分最高,然后是类雅库特和类布里亚特,二者比例相近。

Yungsiyebu 发表于 2018-1-13 11:26
这个有点意外!
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-13 12:42 编辑
这个有点意外!
大昊 发表于 2018-1-13 12:21
对于长期基于str多态性认为蒙古人种内部肯定东南亚多态性最高的朋友,肯定会觉得意外,或者把尼格利陀成分加入进来,认为东南亚蒙古人种遗传多态性高,也是类似的。事实上,东亚的情况与美洲非常类似,很明显是遗传多态性由北向南递减,东南亚马来人种,如果把土著的类尼格利陀成分扣除,血统极为单纯。所以,按一般的奠基人效应逻辑,蒙古人种主力到底是由北线还是南线进入东亚,是不言而喻的。

还一个更浅显的现象,为什么同样维度甚至维度更高的印度土著保持了非洲始祖肤色,尼格利陀土著生活在同样的区域也是漆黑始祖肤色,而东南亚马来人尽管略黑点,但还是黄皮肤呢?我难以想象长江以南的史前气候环境可以促成浅肤色突变的形成。特别是更难以想象,如果马来人老家几万年以来都在东南亚,跟尼格利陀彼此混居为林,那为什么一个漆黑如碳,一个基本上进化出了黄皮肤呢?

所以,回过头来,北亚西伯利亚中亚CNOQD一应俱全(尽管人口极为稀少),而东亚特别是东南亚蒙古人种类型y群中,O一支独大(尽管人口全球最多),到底是百越人等说的O消灭了CD代表的棕色人种,还是跟所有的奠基人效应一样,仅仅因为东亚东南亚是北线迁徙的终点,所以,类型越来越单一。即使东亚-东南亚也是如此,以前树不清楚,认为o1和O2、o3三分,所以,东南亚多态性高,现在呢?O1-O2一支,O3一支,东亚多态性高还是东南亚高,不言而喻。
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本帖最后由 大昊 于 2018-1-13 12:54 编辑
还一个更浅显的现象,为什么同样维度甚至维度更高的印度土著保持了非洲始祖肤色,尼格利陀土著生活在同样的区域也是漆黑始祖肤色,而东南亚马来人尽管略黑点,但还是黄皮肤呢?我难以想象长江以南的史前气候环境可以促成浅肤色突变的形成。特别是更难以想象,如果马来人老家几万年以来都在东南亚,跟尼格利陀彼此混居为林,那为什么一个漆黑如碳,一个基本上进化出了黄皮肤呢?
Yungsiyebu 发表于 2018-1-13 12:25
长江以南的紫外线辐射没那么强。
下面是紫外线辐射强度图:
18010717410937351f20f1555b.jpg
2018-1-13 12:50

从北到南有
蓝色(高纬,北欧,北亚)
绿色(中纬,中日韩,南欧,美国北部)
黄色(岭南,中东,北非,美国南部)
红色(东南亚)
中国的长江以南,是绿色的。和日本韩国还有欧洲南部美国北部相当。
在现代世界里,整个绿色的地区里,就没有深肤色的土著民族。
这足以说明长江以南是可以演化出浅肤色的,不一定需要北来成分!
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-13 13:01 编辑
长江以南的紫外线辐射没那么强。
下面是紫外线辐射强度图:
55121
从北到南有
蓝色(高纬,北欧,北亚)
绿色(中纬,中日韩,南欧,美国北部)
黄色(岭南,中东,北非,美国南部)
红色(东南亚)
中国的 ...
大昊 发表于 2018-1-13 12:50
强不强是比出来的,不是设定一个认为标准。为什么大陆东南亚和印巴次大陆相当,那里是非洲始祖肤色,而东南亚是黑点的黄皮肤呢?我的看法是马来人种来自长江流域。东南亚和相当一部分华南区域,是和平文化区域,是黑皮肤的类尼格利陀人种,尽管今天基本消失了。稍后,我会探讨一下相关的一组浅肤色基因的发育树。根据1000G数据可以绘制一下。
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本帖最后由 大昊 于 2018-1-13 13:03 编辑

和“紫外线辐射强度”不同,还有个“日照强度”的概念。
“紫外线强度”和纬度的关联性强,
“日照强度”和纬度的关联性则弱一些,
  
中国南方的“日照强度”,甚至比北方弱。
特别是长江以南五岭以北的地区
timg (7).jpg
2018-1-13 13:00
timg (8).jpg
2018-1-13 13:00

大家可以百度“日照强度”看看
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-13 13:37 编辑

类乌兹别克始祖成分。

K=6是,类乌兹别克始祖成分出现,此时,可以解决一个非常重要的问题,就是作为欧亚混合人种的中亚各民族,有多少成分是土著欧亚始祖的遗留,又有多少来自近代斯拉夫人的混血。

Fst值,乌兹别克始祖成分与乌克兰的遗传距离最大,暗示原始印欧人对两个现代人群的影响。其次为图瓦人,再次为布里亚特人,再次为雅库特人,最远为华东汉族。

从类乌兹别克始祖成分(粉色),与类乌克兰始祖成分(绿色)区分后,可以观察到,仅有小部分中亚样本,乃至图瓦、布里亚特和雅库特样本,存在类乌克兰成分,有些比例非常高,很可能是近代混血,而多数中亚人仍然携带这种类乌兹别克始祖成分,很可能是继承于历史上的中亚突厥人。

这种类中亚突厥成分,虽然在西伯利亚族群有少量回流,但整体并不明显,暗示,主要是西伯利亚族群进入中亚的混血方向为主,尤其吉尔吉斯和哈萨克更为明显,且注意,此时,类华东汉族的蓝色成分依然在中亚普遍。 扣除类乌兹别克成分后,中亚突厥人的类华东汉族、类布里亚特、类雅库特、类图瓦成分,基本上四分天下,比例大体相当,主要是个体差异。

另一方面,乌克兰在为分理出类乌兹别克中亚突厥血统前,东方混血非常微弱,但分离出来后,可以明显观察到部分样本的中亚血统信号还是很明显的,最高一例约~15%。还有一例类图瓦血统达到~9%。以后,加入更纯粹的西欧样本,预计东欧人的中亚突厥人混血信号会更明显一些。

                                                                                             
Fstdivergencesbetweenestimatedpopulations:

Pop0-Yakutpop1-tuvapop2-Ukrainianpop3-Buryatpop4-chinese
Pop0-Yakut




pop1-tuva0.034



pop2-Ukrainian0.110.092


pop3-Buryat0.0370.0310.1

pop4-chinese0.0570.0510.1250.051
pop5-Uzbek0.0650.0510.0420.0570.081
K=6 Mongol-Turk.png
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和“紫外线辐射强度”(16楼)不同,还有个“日照强度”的概念。
“紫外线强度”和纬度的关联性强,
“日照强度”和纬度的关联性则弱一些,

中国南方的“日照强度”,甚至比北方弱。
特别是长江以南五岭以北的地区
11851008_1.jpg
2018-1-13 13:05
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-13 13:09 编辑
和“紫外线辐射强度”(16楼)不同,还有个“日照强度”的概念。
“紫外线强度”和纬度的关联性强,
“日照强度”和纬度的关联性则弱一些,

中国南方的“日照强度”,甚至比北方弱。
特别是长江以南五岭以北的 ...
大昊 发表于 2018-1-13 13:05
你应当与印巴次大陆的同纬度地区比对。我之前介绍一个重要的浅肤色突变,频度最高在长江流域,但这跟大陆东南亚和临近华南地区的和平文化区域是两回事。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
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